Биоинформатика Область науки, в которой решаются биологические задачи с помощью вычислительных методов математики и информационных технологий. - презентация

1 Биоинформатика Область науки, в которой решаются биологические задачи с помощью вычислительных методов математики и информационных технологий

2 Биоинформатика Разработка алгоритмов для анализа биологических данных большого объема –Алгоритм поиска генов в геноме Анализ и интерпретация различных типов биологических данных таких, как нуклеотидные и аминокислотные последовательности, домены белков, структура белков и т.д. –Изучение структуры активного центра белка Разработка программного обеспечения для управления и быстрого доступа к биологическим данным –Создание банка данных аминокислотных последовательностей

3 Пионеры биоинформатики Лайнус Полинг 1962 Zuckerkandl, E., and L. Pauling Molecular disease, evolution, and genic heterogeneity. Horizons in Biochemistry, Academic Press, New York, Zuckerkandl, E., and L. Pauling Evolutionary divergence and convergence in proteins. Evolving Genes and Proteins, Academic Press, New York, Анализ аминокислотных последовательностей глобинов нескольких позвоночных Гипотеза молекулярных часов

4 Пионеры биоинформатики Маргарет Дейхофф Однобуквенный код аминокислот A,C,D,E,F,G,H… Матрицы аминокислотных замен PAM (Point Accepted Mutation) 1965 Атлас последовательностей белков и их структур (1965)

5 Первый банк данных Атлас белковых последовательностей и их структур Первая версия атласа содержала описание 65 ! последовательностей белков

6 Банк данных PIR-PSD PSD (Protein Sequence Database) – банк данных классифицированных и аннотированных белковых последовательностей одно из подразделений PIR прямой наследник атласа Дейхофф Текущий релиз 80 (31 декабря 2004) содержит документов

7 Банк данных Swiss-Prot 1986 Swiss-Prot – база знаний о белковых последовательностях Курируемая база данных Золотой стандарт аннотации

8 Банк данных Swiss-Prot Амос Байрох Руководитель группы Swiss-Prot в Швейцарском Институте Биоинформатики С 1987 поддерживается в сотрудничестве между Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) European Bioinformatics Institute (EBI)

9 Банк данных Swiss-Prot Статистика роста количества документов Текущий релиз 45.5 (4 января 2005) содержит документов

10 Документ банка данных Swiss-Prot Описание документа: идентификатор, имя, дата создания и модификации Аннотация последовательности Последовательность

11 Банк данных TrEMBL Формальная трансляция всех кодирующих нуклеотидных последовательностей из банка EMBL Автоматическая классификация и аннотация TrEMBL (Translated EMBL) Текущий релиз 29.0 (1 февраля 2005) содержит документов

12 Тенденция объединения 2002

13 Банк данных UniProt UniProt (Universal Protein Resource) UniProt Knowlegebase – UniProt UniProt Archive – UniParc UniProt Reference – UniRef

14 Автоматическая трансляция Ручная аннотация кол. док. = кол. док. = кол. док. =