Сериновые протеазы Ковалентный катализ. Сериновые протеазы В активном центре остаток Ser Система переноса заряда Ser …His …Asp Ковалентный механизм катализа, - презентация

1 Сериновые протеазы Ковалентный катализ

2 Сериновые протеазы В активном центре остаток Ser Система переноса заряда Ser …His …Asp Ковалентный механизм катализа, нуклеофил O боковой цепи Ser Необратимо ингибируются: - диизопропилфторфосфатом (DFP) - фенилметансульфонилфторидом (PMSF) - хлорметилкетонами

3 Каталитическая триада His-Asp-SerХимотрипсин Asp-His-SerСубтилизин Ser-Asp-HisКарбоксипептидаза Y Ser-His-AspClp-протеаза «нестандартные» сериновые протеазы Ser-Lys Ser-His-Glu Ser-His

4 Трехмерная структура «Внешний вид» α-химотрипсина

5 Трехмерная структура Схема трехмерной структуры α-химотрипсина Выделены остатки каталитической триады Ser195 His57 Asp102 и фрагмент пептидного субстрата

6 Каталитическая триада оксианионная впадина

7 Субстрат-связывающий участок: карман S1 Трипсин: Asp189, Gly216,Gly226 Химотрипсин: Ser189 Эластаза: Val216, Thr226 Гранзим B Arg226

8 Активация профермента Отрезается 15 остатков с N-конца «Домен активации»: меняет форму Образуется солевой мостик Ile16…Asp194 Формируется субстрат- связывающий участок

9 Активация профермента Отрезается 15 остатков с N-конца «Домен активации»: меняет форму Образуется солевой мостик Ile16…Asp194 Формируется субстрат-связывающий участок

10 Механизм ковалентного катализа первый тетраэдрический аддукт второй тетраэдрический аддукт ацил-фермент

11 Каталитический акт: накануне

12 Тетраэдрический аддукт

13 ацил-фермент Нуклеофил молекула воды

14 Второй тетраэдрический аддукт Расщепляется с образованием продуктов реакции

15 Ацил-фермент можно наблюдать экспериментально Светлый контур – pH 2 Розовый контур – pH 10