Новый рекомбинантный вариант субтипа envВ/envА ВИЧ-1, выделенный в Новосибирске Н.М. Гашникова, А.В. Тотменин, Е.Ф. Бочаров*, А.Г. Покровский Институт. - презентация

1 Новый рекомбинантный вариант субтипа envВ/envА ВИЧ-1, выделенный в Новосибирске Н.М. Гашникова, А.В. Тотменин, Е.Ф. Бочаров*, А.Г. Покровский Институт молекулярной биологии Государственного Научного Центра Вирусологии и Биотехнологии "Вектор» *Новосибирский Областной Центр по профилактике и борьбе со СПИД и другими инфекционными заболеваниями Лаборатория ретровирусов

2 N К

3 ЦЕЛЬ РАБОТЫ Исследование генетической гетерогенности вариантов ВИЧ-1, распространенных на территории Новосибирской области

4 env LTR gag pol env e nv C env B env A env C env B env A env C env B env A СХЕМА ПРОВЕДЕНИЯ ГЕТЕРОДУПЛЕКСНОГО АНАЛИЗА Ис следуемые образцы провирусной ДНК ВИЧ-1 Стандартные плазмиды, содержащие фрагменты гена env ВИЧ-1, относящиеся к различным субтипам Денатурация фрагментов Быстрая ренатурация гетеродуплексыгомодуплексы I ПЦР II ПЦР Анализ фрагментов в ПААГ по подвижности

5 Распространение субтипов ВИЧ-1 в Новосибирской области в разные периоды развития эпидемического процесса 1987 – 1998 г г г. 72,5% 53,3% Лаборатория ретровирусов 95,7%

6 Выявляемость вариантов ВИЧ-1 субтипа А в группе риска лиц, употребляющих наркотические вещества внутривенно (%)

7 Анализ нуклеотидной последовательности области гена основного белка оболочки (env) наиболее распространенного в Новосибирской области варианта субтипа А ВИЧ-1

8 Определение гомологии нуклеотидной последовательности гена env варианта А.RU.15BSE1 ВИЧ-1 с представителями различных субтипов ВИЧ Уровень гомологии позиция в нуклеотидной последовательности A.RU.15BSE1 Лаборатория ретровирусов A.RU15.BSE1

9 0.1 A.KE.94.Q23 A.UG.92.92UG037 A.SE.94.SE7253 A.UG.85.U AG.NG.-.IBNG 02 AG.GH.-.G AG.FR.91.DJ AG.FR.91.DJ264 A.RU.15BSE1* 96UA23* 93UA13* 03 BA.RU.B2* 96UA25C2V5* UKR970063* 97BL006* UA * D.UG.94.94UG1141 D.CD.83.ELI D.CD.84.84ZR085 B.US.83.RF B.US.90.WEAU160 JS4/24 SF162 B.US.86.JRFL B.FR.83.HXB2 03 AB.RU.98.RU AB.RU.-.KAL153-2 UKR1216 C.ET.86.ETH2220 C.BR.92.92BR025 C.BW.96.96BW0502 C.BW.96.96BW17B03 F1.FI.93.FIN9363 F1.BE.93.VI850 F1.BR.93.93BR020.1 K.CM.96.MP535 K.CD.97.EQTB11C F2.CM.95.MP255 F2.CM.95.MP257 J.SE.93.SE7022 J.SE.94.SE7887 G.BE.96.DRCBL G.FI.93.HH G.NG.92.92NG083 G.SE.93.SE6165 H.BE.-.VI997 H.CF.90.90CF056 A D B C F K F J G H Филогенетический анализ нуклеотидной последовательности фрагмента гена env варианта А.RU15BSE1 ВИЧ-1. Звездочками обозначены последовательности вариантов ВИЧ-1, циркулирующие на территории России.

10 Анализ электрофоретической подвижности гетеродуплексов Лаборатория ретровирусов

11 03BA.RU.B2 Позиция в нуклеотидной последовательности Оценка уровня гомологии нуклеотидной последовательности гена env рекомбининтного варианта 03ВА.RU.В2 ВИЧ-1 с нуклеотидными последовательностями ВИЧ-1 различных субтипов Лаборатория ретровирусов

12 A.KE.94.Q23 A.SE.94.SE7253 A.UG.92.92UG BA.RU.B2* UKR970063* 97BL006* UA * H.BE.-.VI997 H.CF.90.90CF056 B.US.90.WEAU160 B.US.83.RF SF162 B.FR.83.HXB2 B.US.86.JRFL 03AB.RU – KAL AB.RU.-.KAL153-2 UKR1216 D.UG.94.94UG1141 D.CD.83.ELI D.CD.84.84ZR085 K.CD.97.EQTB11C K.CM.96.MP535 F1.BE.93.VI850 F1.FI.93.FIN9363 F2.CM.95.MP255 F2.CM.95.MP257 C.BW.96.96BW0502 C.BR.92.92BR025 C.ET.86.ETH2220 G.FI.93.HH G.BE.96.DRCBL G.NG.92.92NG083 J.SE.93.SE7022 A H B D K G J.SE.94.SE7887 AUG.85.U J C F Филогенетический анализ нуклеотидной последовательности гена env рекомбининтного варианта 03.ВА.RUВ2 ВИЧ-1, кодирующей область C2 – V5 гликопротеина gp120. Звездочками обозначены последовательности вариантов ВИЧ-1, циркулирующие на территории России.

13 Филогенетический анализ нуклеотидной последовательности гена env рекомбининтного варианта 03.ВА.RUВ2 ВИЧ-1, кодирующей область V1 – C2 гликопротеина gp120. Звездочками обозначены последовательности вариантов ВИЧ- 1, циркулирующие на территории России.

14 NA/EU.conA*CTRPNNNTRKSIHI.. GPGRAFVTTGE I IGD I RQAHC A.RU15BSE1 CI RPGNNTRT SIRI.. GPGQTFYATGDVIGD I RKH IN 03ВA.RU.B2 CI RPGNNTRT SIRI.. GPGQTFYATGDVIGD I RKAYC ГКВ4046** CTRPNNNTRKKIRIQRGPGRAFYT IGK. IGNMRQAHC * - консенсусная последовательность аминокислот V-3 петли для субтипа А ВИЧ-1 ** - последовательность аминокислот штамма ВИЧ-1 субтипа В Анализ аминокислотной последовательности V3-петли вариантов A.RU15BSE1 и 03BA. RU.B2 ВИЧ-1

15 ВЫВОДЫ Исследована динамика распространения субтипов ВИЧ-1 в Новосибирской области. Показано, что на данной территории преобладающее распространение получил субтип А ВИЧ-1. Определена нуклеотидная последовательность наиболее распространенного на территории Новосибирской области варианта ВИЧ-1 субтипа А. Обнаружен и охарактеризован ранее не описанный рекомбинантный вариант субтипа envB/envA ВИЧ-1 с участком рекомбинации внутри второго консервативного района С2 гена env. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей выделенных вариантов вируса выявил их генетическую близость к изолятам ВИЧ-1, циркулирующим на территории Украины. Лаборатория ретровирусов

16 Благодарим за помощь при проведении исследований сотрудников Новосибирского Областного Центра по профилактике и борьбе со СПИД и другими инфекционными заболеваниями Орловского Владимира Геннадьевича Гладкого Петра Алексеевича Топчина Юрия Андреевича