Выпускная работа по « Основам информационных технологий » Лисица Евгения Владимировна Руководитель : доцент Яцков Николай Николаевич Руководитель : доцент. - презентация

1 Выпускная работа по « Основам информационных технологий » Лисица Евгения Владимировна Руководитель : доцент Яцков Николай Николаевич Руководитель : доцент Кожич Павел Павлович Белорусский государственный университет Кафедра системного анализа Факультет радиофизики и электроники

2 Структура Актуальность Постановка целей и задач Постановка целей и задач Экспериментальные данные Экспериментальные данные Алгоритм сегментации ядер Алгоритм сегментации ядер Алгоритм сегментации клеток Алгоритм сегментации клеток Тестирование алгоритмов Тестирование алгоритмов Программный пакет CellAnalyser Программный пакет CellAnalyser Выводы Результаты

3 Актуальность ФУНКЦИИФУНКЦИИ ПРОТЕИНЫПРОТЕИНЫ Структура Цели и задачи Цели и задачи Эксперимент Сегментация Ядер Клеток Тестирование CellAnalyser Выводы Результаты

4 Актуальность hνAhνA hνFhνF S0S0 S1S s s - 1 up to seconds photobleaching s -1 Структура Цели и задачи Цели и задачи Эксперимент Сегментация Ядер Клеток Тестирование CellAnalyser Выводы Результаты

5 Постановка целей и задач Боковые проекции Зажатие клеток соседями Стеки клеток Структура Актуальность Эксперимент Сегментация Ядер Клеток Тестирование CellAnalyser Выводы Результаты

6 Сегментация ядер и цитоплазм клеток на люминесцентных изображениях биологических объектов Цели и задачи работы Задачи Структура Актуальность Сегментация Ядер Клеток Тестирование CellAnalyser Выводы 1. Сегментация ядер на изображении 2. Сегментация цитоплазм 3. Выполнить анализ алгоритмов с использованием имитационной модели 4. Выполнить анализ экспериментальных изображений 5. Разработка программного обеспечения

7 Экспериментальные данные Delta Vision Restoration Photometrix CH350L (500 kHz, 24-bit, 2048×2048 пикселей ) Nikon TE пикселей на 1 мкм DAPIER + Cy5 CK + Alexa Fluor 488 Красительλ погл нмλ исп нм Cy Alexa Fluor DAPI Структура Актуальность Цели и Задачи Цели и Задачи Сегментация Ядер Клеток Тестирование CellAnalyser Выводы Результаты

8 Сегментация ядер Начало работы Построение полутонового изображения Нахождение порогового значения Сглаживание полутонового изображения Разделение слившихся клеток Остановка Построение черно-белого изображения Сравнительный анализ методов сегментации биомедицинских изображений Е. В. Лисица 67-ая научной конференция студентов и магистрантов БГУ. Минск Структура Актуальность Цели и Задачи Цели и Задачи Эксперимент Сегментация Клеток Тестирование CellAnalyser Выводы Результаты

9 Сегментация клеток Начало работы Построение полутонового изображения Нахождение порогового значения Построение черно-белого изображения Сращивание маски ядер и маски цитоплазмы Разделение слившихся клеток Остановка Цифровая обработка люминесцентных изображений раковых клеток Е.В. Лисица, Н.Н. Яцков, В.В. Апанасович, Т.В. Апанасович «Научные стремления ».Минск,2010. Структура Актуальность Цели и Задачи Цели и Задачи Эксперимент Сегментация Ядер Тестирование CellAnalyser Выводы Результаты

10 Тестирование алгоритмов Разработка моделей биомедицинских изображений. Лисица Е.В., Яцков Н.Н., Лутковский В.М. «Первый шаг в науку ». Минск Структура Актуальность Цели и Задачи Цели и Задачи Эксперимент Сегментация Ядер Клеток CellAnalyser Выводы Результаты

11 Сегментация экспериментальных изображений Структура Актуальность Цели и Задачи Цели и Задачи Эксперимент Сегментация Ядер Клеток CellAnalyser Выводы Результаты

12 CellAnalyser. Интерфейс. Структура Актуальность Цели и Задачи Цели и Задачи Эксперимент Сегментация Ядер Клеток Тестирование Выводы Результаты

13 CellAnalyser. Выходные данные. Маски Опухоли Ядер Клеток Файлы с дифференциальными характеристиками Ядер клеток Файл с интегральной характеристикой Структура Актуальность Цели и Задачи Цели и Задачи Эксперимент Сегментация Ядер Клеток Тестирование Выводы Результаты

14 Выводы Сегментация ядер и клеток Устойчивость при воздействии шумов Применимы к экспериментальным изображениям Количество пропущенных и раздробленных ядер меньше 5% Программный пакет CellAnalyser Структура Актуальность Цели и Задачи Цели и Задачи Эксперимент Сегментация Ядер Клеток Тестирование CellAnalyse Результаты

15 Результаты Международная научно - техническая конференция « Медэлектроника -2010». Минск Республиканская молодёжная конференция с международным участием « Научные стремления ». Диплом 2- ой степени. Минск Научная конференция студентов и магистрантов БГУ. Минск Международная научно - практическая конференция « Информационные технологии, электронные приборы и системы -2010». Минск Международный студенческий форум « Первый шаг в науку -2010». Диплом 3- ей степени. Минск Структура Актуальность Цели и Задачи Цели и Задачи Эксперимент Сегментация Ядер Клеток Тестирование CellAnalyse Выводы

16 Спасибо за внимание ! Актуальность Постановка целей и задач Постановка целей и задач Экспериментальные данные Экспериментальные данные Алгоритм сегментации ядер Алгоритм сегментации ядер Алгоритм сегментации клеток Алгоритм сегментации клеток Тестирование алгоритмов Тестирование алгоритмов Программный пакет CellAnalyser Программный пакет CellAnalyser Выводы Результаты