БЕЛОРУССКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ КАФЕДРА ГЕНЕТИКИ Идентификация новых промоторных регионов в гибридном гене RUNX1/RUNX1T1. - презентация

1 БЕЛОРУССКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ КАФЕДРА ГЕНЕТИКИ Идентификация новых промоторных регионов в гибридном гене RUNX1/RUNX1T1 человека Ильюшёнок И. Н Научный руководитель: канд. биол. наук, доцент Гринев В. В.

2 Оглавление 2 1. Структура гена RUNX1/RUNX1T1 человека и его продукта.Структура гена RUNX1/RUNX1T1 человека и его продукта. 2. Цель исследования.Цель исследования. 3. Задачи исследования.Задачи исследования. 4. Задача 1. Задача Задача 2. Задача Задача 3. Задача Результаты исследования.Результаты исследования. 8. Дополнительная информация.Дополнительная информация. 9. Спасибо за внимание!Спасибо за внимание!

3 Структура гена RUNX1/RUNX1T1 человека и его продукта a/4b598b RUNX1 RUNX1T1

4 Цель исследования: выявление неаннотированных промоторных регионов гена RUNX1/RUNX1T1. 4

5 Задачи исследования: 1) Разработать описательную биоинформационную модель аннотированных и предсказанных промоторных регионов гена RUNX1/RUNX1T1. 2) Верифицировать активность аннотированных и предсказанных промоторных регионов гена RUNX1/RUNX1T1 на транскриптоном уровне. 3) Разработать репортёную векторную систему для экспериментальной верификации активности промоторных регионов гена RUNX1/RUNX1T1 на геномном уровне. 5

6 Задача 1: Биоинформационное предсказание промоторных регионов – RUNX промоторных регионов, 2 совпадения с каноническими промоторными регионами (5 и 8).

7 Задача 1: Биоинформационное предсказание промоторных регионов – RUNX1T промоторных регионов, для 1 есть экспериментальное подтверждение (регион 1)

8 Задача 1:Выделение потенциальных промоторных регионов гибридного гена 8 Клинических образцов: 62; Модельных клеточных линий: 2. Показаны 3 первых случая Случай Произво дная хромосома Нуклеотидная последовательность, перекрывающая области рекомбинации Координата рекомбинации по гену RUNX1 Координата рекомбинации по гену RUNX1T1 Код доступа по GenBank Ссылка 1 patient KH der8 AAGCATATAAGAATTTTATATAGTCctAT ACAAGAGAATTAATAGTTTCAGA Chr21: Chr8: Нет Shimizu K. et al., 1992 der21 CCTACCCCATCTGCTCTGGCCTGC CGTATTTCAGAAGATGTTGGCCAGTC Chr21: Chr8: Нет 2 patient NHH der8 CAGACCTGCCCTCTTCCTGTAACTGcct aCCTGCTAAAGTCTTGCTAGAGAA AA Chr21: Chr8: DQ Gall C. et al, der21 TTTGAGAACTCAGATCTTGGTTGA TGTGTGAGATTGGCAAATGACTAACC Chr21: Chr8: DQ Gall C. et al, patient GD der8 TCTCCGTGGCCAGGTCCCCCGCTTGac ctCTTGAATCCAAACACAGCTCAG GGC Chr21: Chr8: DQ Gall C. et al, der21 AAATAATGAAATGGCACATAGTCT TtTAAGTGCTTGAGGAATGTGAAGTTT Chr21: Chr8: DQ Gall C. et al,

9 Задача 1:Выделение потенциальных промоторных регионов гибридного гена 9

10 10 RUNX1T1RUNX

11 11

12 Задача 2: Верификация предсказаний на уровне РНК-транскриптов 12 1)GeneRuler 1000 bp; 2)RUNX1/PR01 3)RUNX1/PR02 4)RUNX1/PR03 5)RUNX1/PR04 6)RUNX1/PR05 7)RUNX1/PR06 8)RUNX1/PR07 9)RUNX1/PR08 10)RUNX1/PR09 11)RUNX1/PR10 12)RUNX1/PR11 13)GeneRuler bp 8bRUNX1/PRX

13 Задача 3: Разработка репортёр ной системы 13 5-LTR EcoRI GaG SL4 RREcPPT P SFFV IRES eGFPWPRE3-LTR GaG SL4 RREcPPTPR-X IRES eGFPWPRE 3-LTR 5-LTR

14 Задача 3: Разработка репортёр ной системы – PR-04 RUNX1T1-локуса. 2 – PR-05 RUNX1T1-локуса. 3 – маркер молекулярного веса, 1 kb. 4 – PR-11 RUNX1-локуса. 5 - PR-10 RUNX1-локуса. 6 - PR-05 RUNX1-локуса.

15 Задача 3: Разработка репортёр ной системы – маркер молекулярного веса, 1 kb. 2 – амплификация PR-07 в стандартных условиях. 3 – амплификация PR-07 с 5% ДМСО 4 – амплификация PR-07 с 20% глицерином

16 Задача 3: Разработка репортёр ной системы 1616

17 Задача 3: Разработка репортёр ной системы – сиквенс RUNX1/PR10 GTCATGCTTTTCAGAGTATTTTACTTTGGAATTCATTTTCTTAATTACCTGAGTATAAAAACATTTATCTA CCAGTTTTCTCCAATAGCCCTGATAAGACTTCATACTTACTCAGTTACATTAAATAAATTCCTGGTC AAGATCAGCTGGGCTAGCAGAAAACCTCAGGCATCTGTGAGGACATGAGTTTACACACGCTGAG ACTCACAGATACAAAAATGCAACCCAATTCCACCCCTGAATTGAGGGGAGTGCATAGAAGTGAAT GTCCCGTCTTTCTGAGGTCTGTTGATTTTGTAATTAGTAAACGAAGGGTGCATTTCTGATTTTTTT TTCTTGTGTGCTAGAATTCATTGCTAGTAAAACTCAAGATAATAGCGATGAGTAGGAGGTATCAAA GATGAACTGTAGAGGGACAGTTTAAGTTACTTAAGAATCGTCAGCAAGATGAAATCTACTTTTAGC AGAAATTGGGTTTTTTTGTGTTTTTTTGTTTTGTTTTATTTTCTAAAAGTAAAGTCTGCACCTTGTT CAGCCTGTTAGTGGAGGTCTGAGCAAGTAAAAGATGGGTTGGATTATAAACTTACAAACACAGGA TGTTCTGTTTCTCAAACGGGAGAAATTAAGAAGAGATGCTTGTATTCAGGAGACGGCATAGCTAC TCAAAATCCTTGATATCTTGCTATGGTTAGTCTTGTTCCAACTGTGCTATGTGACCTACTATGGCTT TATGAGGTAAATTTAGTATATGTGTCACTATTTGAAAATTTACATATAGTTATACATAATGTATTAGG TTGGTGCAAATGTAACTGCAGTTTTTGGAGTTAAAAATTGCAAACACTGCAATTACTTTTGCACCA ACCTAAAATATAATAAAAAAGTGTCTTCTCTTTATAACTTTTCTGTTGTTTTGCTTAAGTTATCATT GCTATTCCTCTGCAACCTAAAAAGAAATCATTGAATATACATTTAATTTTAGAATAATCACTACACA AATGCCCTAAAAGTGTATGTATAACATCCCTGATGTCTGCATTTGTCCTTTGACTGGTGTTTAGGT GGTGGCCCTAGGGGATGTTCCAGATGGCACTCTGGTCACTGTGATGGCTGGCAATGATGAAAAC TACTCGGCTGAGCTGAGAAATGCTACCGCAGCCATGAAGAACCAGGTTGCAAGATTTAATGACCT CAGGTTTGTCGGTCGAAGTGGAAGAGGTACGTTATCTGTC 1717

18 Результаты: 18 1) Методами биоинформатики построена описательная биоинформационная модель аннотированных и предсказанных промоторных регионов гибридного гена RUNX1/RUNX1T1. 2) Показано наличие транскрипционной активности в областях предсказанных промоторных регионов 3, 5, 7, 8, 10, 11 гена RUNX1 3)Произведено клонирование в промежуточный вектор и первичное секвенирование шести промоторных регионов. Они полностью готовы к клонированию в целевой вектор.

19 Дополнительная информация: 19 Договор 590/54. Проект «Анализ альтернативных форм сплайсинга пре-мРНК гибридного онкогена AML1/ETO в клетках острого миелоидного лейкоза, содержащих транслокацию t(8;21)(q22;q22)». Заказчик: Министерство образования. Коллаборатор: РНЦП детской онкологии, гематологии и иммунологии.

20 СПАСИБО ЗА ВНИМАНИЕ! 20 Мой сайт: