Буддийская община в Санкт - Петербурге стала складываться лишь в самом конце XIX столетия. Согласно переписи населения 1869 г., в городе проживал лишь один буддист, записавшийся разночинцем. В 1897 году насчитывалось уже 75 буддистов, а в (163 мужчины и 21 женщина ). В этническом отношении это были в основном забайкальские буряты и волжско - донские калмыки. Селились они, как правило, на Петербургской стороне ( буряты ) и в Литейных

Представитель Далай - ламы в России Агван Доржиев получил разрешение на строительство храма в столице в 1900 году. Деньги на строительство были пожертвованы Далай - ламой XIII, Агваном Доржиевым, а также собраны буддистами Российской империи. Храм был построен архитектором Г. В. Барановским в соответствии с канонами тибетской архитектуры.. В архитектурном плане это один из самых дорогих буддийских храмов, построенных в Европе. В то время как в Бурятии возводились деревянные храмы, в лучшем случае - монолитные или кирпичные, дацан в Петербурге построили из колотого гранита. Позолота, сочетание ярких красок, облицовка и сам архитектурный проект в целом потребовали серьезных финансовых и материальных вложений.

16 марта 1909 г. Доржиев приобрел на северной окраине Петербурга, в Старой Деревне, участок земли площадью 2940 м ² (648,51 кв. саженей ), уплатив за него 18 тысяч рублей, а также закупил часть необходимых строительных материалов. Архитектурный проект храма был разработан студентом Института гражданских инженеров Н. М. Березовским и архитектором Г. В. Барановским (1909) автором проекта Елисеевского гастронома на Невском. Строительством руководили Г. В. Барановский и Р. А. Берзен ( на заключительном этапе ). Средства, необходимые на постройку, были пожертвованы самим Доржиевым (30 тыс. рублей ), Далай - ламой XIII (50 тыс.), юргинским Богдо - гэгэном VIII и собраны среди верующих в Бурятии и Калмыкии. Однако действительные расходы намного превысили указанную в смете сумму на руб. Строительство продолжалось с 1909 по 1915 год, Первое буддистское богослужение состоялось 21 февраля 1913 года в честь 300- летия российской династии Романовых. Статуя Будды для вновь открытого храма была подарена королём Сиама Рамой Пятым. Освящение храма состоялось 10 августа 1915 года. Настоятелем был лама Агван Лобсан Доржиев.

В 1919 году храм подвергся разграблению, уничтожена храмовая библиотека, бесследно исчезли собранные Доржиевым архивные документы, освещавшие взаимоотношения России, Англии, Тибета и Китая за последние 30 лет. В 1924 году вновь начал функционировать до 1935 года, когда храм был закрыт, и начались преследования буддийского духовенства ; весной 1935 г. органы НКВД арестовали первую группу лам. В 1937 чекисты устраивают ночной разгром ленинградского дацана, арестовывая всех оставшихся монахов и лиц, живших при храме ( среди них бурятские просветители, русские ученые - востоковеды ) и верующих. По решению « тройки » захваченных расстреляли, среди них и известного монголиста Барадийна. 13 ноября в Бурятии арестован 85- летний Агван Доржиев, а Доржиев после единственного допроса умирает в тюремной больнице Верхнеудинска ( ныне Улан - Удэ ). Дацан передаётся во владение физкультурников. Во время Великой Отечественной войны в храме была устроена военная радиостанция. Она оставалась в здании до х годов, использовалась как « глушилка ». С х годов в нём находились лаборатории Зоологического института. 25 ноября 1968 г. здание было объявлено памятником архитектуры местного значения. 9 июля 1990 года решением исполкома Ленгорсовета храм был передан буддистам.

К началу 2000 г. в городе насчитывалось уже не менее десятка буддийских групп, представляющих различные, в том числе и не тибетские, буддийские традиции. Санкт - Петербургский дацан это не только место « поклонения Будде », но и центр буддийского образования « монастырская школа ». Под его сводами приезжающие в Петербург тибетские и западные учителя читают лекции по буддийской философии, дают специальные учения и посвящения буддистам - мирянам, проводят медитационные уретриты, которые по вероучению буддистов являются сильной практикой для накопления благих заслуг и в то же время прекрасным способом самопознания. К 2007 г. в храме постоянно проживала группа из 10 лам, получивших религиозное образование в Иволгинском буддийском институте Даши Чойкорлинг. Эти монахи регулярно совершают молебны в дацане за благополучие живых и за лучшее перерождение усопших. Кроме того, в общине ведут прием астрологи и врач - тибетолог, специалист в области традиционной тибетской медицины.