Популяционная генетика - 6

Факторы эволюции мутации отбор половое размножение генетико-автоматические процессы (генетический дрейф) миграция

Как отличить Дарвина от Кимуры?

тест Dn/Ds положительный отбор: Dn/Ds > 1 нейтральная эволюция: Dn/Ds = 1 отрицательный отбор: Dn/Ds < 1 вид 1 ATG TCC CTA TAC GGA GCT вид 2 ATG TCT CAT TAT AGA GAT

dn/ds тест для отдельных ветвей филогенетического дерева Bazykin et al. PNAS 2006

Bush et al. Science 1999

Plotkin et al. PNAS 2000

Positive selection mapping of HIV-1 protease from 40,000 patient samples. The Ka/Ks value represents the greatest selection pressure among all the individual amino acid mutations at each codon. The dotted line indicates the Ka/Ks value of 1 (Ka = d N, Ks = d S )

Distances between successive nonsynonymous (Upper) and synonymous (Lower) substitutions on the phylogenetic trees. The mean distance between successive nonreversing substitutions is shown for codon sites with each total number of substitutions on the tree (dots). Solid lines present mean distances between successive substitutions within each sliding 30-site window. Dashed lines show mean distances between independent substitutions obtained in simulations. Bazykin et al. PNAS 2006

Amino acid sites inferred to be under positive selection in HIV-1 gp120. (A) Amino acid sites with >80 replacements. (B) Rapidly evolving sites previously inferred to be under positive selection. (C) Conservative sites (

тест Dn/Ds положительный отбор: Dn/Ds > 1 нейтральная эволюция: Dn/Ds = 1 отрицательный отбор: Dn/Ds < 1 вид 1 ATG TCC CTA TAC GGA GCT вид 2 ATG TCT CAT TAT AGA GAT

Dn/Ds = 0.1: что это значит? selection strength

Dn/Ds = 0.1: что это значит? selection strength

Dn/Ds = 0.1: что это значит? selection strength

Тест Макдональда-Крейтмана

k нейтральная ~ u k полезная ~ 2Nus

Bazykin et al. Biology Direct 2007

Dn/Ds = 0.1: что это значит? selection strength

Dn/Ds = 0.1: что это значит? selection strength

Тест Макдональда-Крейтмана Основное объяснение: движущий отбор Альтернативное объяснение: усиление стабилизирующего отбора (напр. из-за увеличения размера популяции) этот тест чувствителен к особенностям популяционной демографии

Ometto et al. Mol. Biol. Evol. 2005

«Выметание» отбором

Вокруг сайта под отбором изменчивости не будет!

«Выметание» отбором Hamblin and Di Rienzo, 2000 Am. J. Hum. Genet. 66:1669–1679

«Выметание» отбором

Вокруг сайта под отбором изменчивость понижена

Неравновесие по сцеплению Sabeti et al., 2002 Nature 419:

k нейтральная ~ u k полезная ~ 2Nus

Lynch et al. Science 2003

Lynch et al. PNAS 2007