В 1987 году в парке утвержден список десяти государственных памятников природы: это озера Глухое, Кичиер, Яльчик, Ергеш - ер, Шуть-ер, Куж-ер, сероводородное озеро Шулгалдан, Кленовогорская дубрава (Дуб Пугачева), родникЗеленый Ключ, Кленовая Гора.
Территория, где расположен национальный парк, издавна была заселена марийским народом. Оформление древних марийцев в народность мари, произошло в I тыс. н.э. Природные особенности определяли черты жизни народа. Так сложились племена горных и равнинных мари.
Неспешное течение жизни нарушалось войнами и вмешательством сильных соседей. Например, оставило свой след монголо-татарское нашествие. В 1552 году происходит присоединение марийского края к Российскому государству. В начале XVIII века произошла христианизация марийского народа. В преданиях запечатлелось такое событие в истории, как Крестьянская война.
Рассказывают, что сам Емельян Пугачев останавливался на Кленовой горе после поражения под Казанью в 1774 году и, залезши на высокий дуб, смотрел, как полыхает пожар над оставленным городом. Оттуда со своим уцелевшим войском он пошел через устье Юшута и держал путь на Кокшайск (Йошкар-Олу). Считается, что дуб, который стоит на Кленовой горе в настоящее время, и есть то самый, пугачевский. В 1969 году Дуб Пугачева был объявлен ценным лесным объектом исторического значения. В 1974 году на этом месте был установлен памятный камень с надписью. Дуб взят под охрану.
Научная работа в парке ведется по нескольким направлениям. Проводится инвентаризация флоры и фауны парка, изучаются водно-болотные экосистемы, проводятся археологические раскопки. Сотрудники парка ежегодно проводят учеты зверей и птиц, ведут отбор проб снега на исследование кислотности снежного покрова. Данные учетов позволяют обнаружить места скопления животных, их численность, обеспечить целенаправленное проведение биотехнических мероприятий. Ведется постоянная разработка новых маршрутов пешего и лыжного туризма, эколого- познавательных троп. Оборудуются туристические городки и стоянки.
В парке создаются условия для отдыха людей, но при этом необходимо не повредить природе парка. В парке запрещается: Движение и стоянка транспортных средств вне предусмотренных мест; Организация сборов, лагерей спортивных состязаний без разрешения администрации парка; Разбивка палаток, разжигание костров за пределами предусмотренных мест; Повреждение, засорение, уничтожение отдельных природных объектов, построек, малых архитектурных форм, знаков дорог и троп; Промышленная заготовка дикорастущих растений, ягод, грибов; Самовольная вырубка и поломка деревьев и кустарников, разорение гнезд, нор и муравейников; Охота и отлов животных ловля рыбы вне разрешенных водоемов, выпас скота; Заготовка песка, гравия, растительного грунта, торфа, строительство объектов не связанных с деятельностью парка.