Клеточная теория одно из общепризнанных биологических обобщений, утверждающих единство принципа строения и развития мира растений, животных и остальных живых организмов с клеточным строением, в котором клетка рассматривается в качестве общего структурного элемента живых организмов.

Исторически открытие клеток и создание Клеточной теории не совпадают. Впервые наблюдал под микроскопом клеточное строение у растений на срезах пробки и стеблей различных живых растений английский микроскопист Роберт Гук, описавший свои наблюдения в сочинении «Микрография» (1665). Английский ботаник Неммия Грю полагал, что стенки клеток образованы переплётом волокон, наподобие текстиля, откуда и возник термин «ткани» (1682).

К концу 3-го десятилетия 19 в. выяснилось, что почти все органы растений имеют клеточное строение, и в учебнике немецкого ботаника Ф. Мейена (1830) клетка уже фигурирует как общий структурный элемент тканей растений. Но клетку ещё понимали как камеру, главная часть которой составляет её оболочка, а содержимое имеет второстепенное значение. Ядро в растительной клетке описал Роберт Броун (1831), но внимание к ядру привлек Маттиас Шлейден, считавший его цитобластом (жидкость растительных клеток) образователем клетки. По Шлейдену, из зернистой субстанции конденсируется ядрышко, вокруг которого формируется ядро, а вокруг ядра клетка, причём ядро в процессе образования клетки исчезает.

Заслуга оформления Клеточной теории принадлежит ученику немецкого биолога И. Мюллера Теодору Шванну, который, ознакомившись с исследованиями Шлейдена, увидел в ядре критерий для сопоставления тканевых структур животных и клеток растений. В 1839 вышло сочинение Шванна «Микроскопические исследования о соответствии в структуре и росте животных и растений» в самом заглавии которого была выражена сущность Клеточной теории. Однако Шванн продолжал считать главным компонентом клетки ее оболочку и воспринял ложное представление Шлейдена о новообразовании клеток из бесструктурного вещества. Затем Клеточная теория была распространена на одноклеточные организмы простейших которые были признаны свободно живущими клетками

Дальнейшее развитие Клеточной теории связано с открытием протоплазмы и клеточного деления. К середине 19 в. выяснилось, что главным в клетке является её «содержимое» протоплазма. В 1858 немецкий патолог Рудольф Вирхов опубликовал «Целлюлярную патологию», в которой распространил Клеточную теорию на явления патологии и обратил внимание на ведущее значение ядра в клетке, провозгласив принцип образования клеток путём деления

Современная Клеточная теория исходит из единства расчленённости многоклеточных организмов на клетки и целостности организма, основанной на взаимодействии клеток. Чем сложнее организм, тем более выступает его целостность, которая у животных осуществляется нервной и гуморальной(механизм регуляции жизнедеятельности) системами, а у растений непосредственной связью клеток. Исследования укрепили основные положения Клеточной теории. Показано, что есть организмы не имеющие оформленного ядра, некоторые из них (бактерии, водоросли) часто называют клетками, исходя из наличия у них ДНК, но правильнее оставить понятие клетки за организмами, у которых ДНК оформлена в виде хромосом и находится в ядрах