Анализ и моделирование расщепления ДНК ультразвуком Нечипуренко Д.Ю. Кафедра биофизики, физический факультет МГУ Руководители: Ильичева И.А., Полозов Р.В,

Презентация:



Advertisements
Похожие презентации
Mechanical Properties of DNA Local Structure: Ultrasound Studies Dmitry Yu. Nechipurenko, Mikhail V. Golovkin, Sergej L. Grokhovsky, Irina А. Il'icheva,
Advertisements

Программное обеспечение для анализа образов электрофореза ДНК Ергебеков С.М. Научный руководитель: д.ф-м.н. Нечипуренко Ю.Д. Московский физико – технический.
Исследование влияния интерфейса на механические и термодинамические свойства наноразмерных гетероструктур ( Головнева Е.И., ИТПМ СО РАН ) На основе анализа.
Перспективы сотрудничества с Институтом прикладной математики имени М.В. Келдыша и ГОУ ВПО «Международный университет общества, природы и человека «Дубна»
МЭИ (ТУ) Кафедра РТС Тема: Моделирование системы временного сопровождения Выполнил: Куликов И.С. Группа: ЭР Научный руководитель: Нагин И.А. Москва,
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ДНК- ТЕХНОЛОГИЙ В МЕДИЦИНЕ. ДНК - понятие Днк – дезоксирибонуклеиновая кислота.
Люминесценция многокомпонентных растворов органических красителей при ориентационной релаксации растворителя Докладчик Научный руководитель студентка 5.
Международная молодёжная конференция-школа «СОВРЕМЕННЫЕ ПРОБЛЕМЫ ПРИКЛАДНОЙ МАТЕМАТИКИ И ИНФОРМАТИКИ» 23 августа 2012 г. Объединенный институт ядерных.
Докладчик: Башевой К.В. 1 Научные руководители: Иванов В.А. 1, Аветисов В.А. 2 1 кафедра физики полимеров и кристаллов, физический факультет МГУ им. М.В.Ломоносова.
1 Экология питания Москва, Россия. 26 октября, 2010 Юмей Лиин, д.н старший научный сотрудник института оптимального здоровья Нутрилайт (NUTRILITE) Калифорния,
Выполнили студенты 2 курса кафедры Физиологии человека и животных: Абрамов Евгений и Голикова Екатерина.
ГОСУДАРСТВЕННОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ПРОФЕССИОНАЛЬНОГО ОБРАЗОВАНИЯ «МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ ТЕХНИЧЕСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМЕНИ Н.Э. БАУМАНА»
Моделирование. Требования к уровню подготовки учащихся по теме «Моделирование». Учащиеся должны: уметь создавать компьютерные модели с использованием.
Н.Н. Козлов, Е.И. Кугушев, Т.М. Энеев МАТЕМАТИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ СЛОЖНЫХ ДИСКРЕТНЫХ СИСТЕМ Институт Прикладной Математики им. М.В.Келдыша, Москва Исследования.
Международная премия Глобальная энергия 7 июня 2007 Физико-технические основы теплоэнергетических технологий Академик В.Е. Накоряков Институт теплофизики.
Лекция 4. Биосинтез молекул РНК. Транскрипция в клетках прокариот и эукариот.
Карельский К. В. Петросян А. С.Славин А. Г. Численное моделирование течений вращающейся мелкой воды Карельский К. В. Петросян А. С. Славин А. Г. Институт.
Инновационные разработки в области новых методов лечения заболеваний Проф. О.С.Медведев ФФМ, МГУ им. М.В.Ломоносова.
Программа 27 Основы фундаментальных исследований нанотехнологий и наноматериалов Проект Разработка научных основ получения наночастиц алюминия с.
Скорость теплообмена: зависимость от разности температур и плотности контактирующих веществ Скорость теплообмена: зависимость от разности температур и.
Транксрипт:

Анализ и моделирование расщепления ДНК ультразвуком Нечипуренко Д.Ю. Кафедра биофизики, физический факультет МГУ Руководители: Ильичева И.А., Полозов Р.В, Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН,Москва, Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Пущино.

Облучение водно-солевых растворов ДНК ультразвуком

Специфика расщепления молекул ДНК ультразвуком Важнейшим результатом экспериментов по расщеплению ДНК ультразвуком является вывод о зависимости вероятности разрыва молекулы ДНК от последовательности нуклеотидных пар

Диаграмма интенсивности расщепления фрагментов ДНК

Относительные интенсивности расщепления 16 динуклеотидов

Вероятностная модель двухстадийного разрыва молекулы ДНК

Расщепление ДНК ультразвуком в присутствии цис-платина (cis-Pt)

Модель идеальной струны

Моделирование реакции ДНК на внешние воздействия

Моделирование растяжения фрагмента ДНК

Проведенный количественный анализ расщепления молекул ДНК ультразвуком позволяет сделать следующие выводы: 1) Наиболее вероятными являются разрывы в динуклеотидах 5-d(CpG)-3, 5-d(CpА)-3 и 5-d(CpT)-3 2) Разрывы нитей двойной спирали не всегда происходят между двумя соседними парами оснований 3) На характер расщепления влияет связывание лигандов с молекулой ДНК. Был создан пакет программ (метод молекулярной динамики), позволяющий проводить моделирование реакции ДНК на внешние воздействия Заключение

Публикации 1. Нечипуренко Ю.Д., Полозов Р.В., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Воробьев Е.А., Гроховский С.Л. и Гурский Г.В. Математические модели регуляции экспрессии генов: механические возмущения структуры ДНК. // Математика. Компьютер. Образование: Сб. научных трудов. Том.2 / Под ред. Г.Ю.Ризниченко. - М.-Ижевск: НИЦ "Регулярная и хаотическая динамика". 2006, С Nechipurenko Yu.D., Nechipurenko D.Yu., Polozov R.V., Grokhovsky S.L., Gursky G.V. DNA-based nanostructures: changes of Mechanical properties of DNA upon ligand binding. In: Nanomaterials for Application in Medicine and Biology, Springer, printed in the Netherlands. 3. Гроховский С.Л., Ильичева И.А., Нечипуренко Д.Ю., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Нечипуренко Ю.Д. Локальные неоднородности структуры и динамики двухспиральной ДНК: исследование при помощи ультразвука. Биофизика, в печати.

С.Л. Гроховскому, И.А. Ильичевой, Р.В. Полозову, Ю.Д. Нечипуренко, Н.Г. Есиповой, Г.В. Гурскому, А.Ю. Зайцеву. Благодарности

Схема экспериментальной установки

Разрыв фосфодиэфирной связи

Экспериментальные данные по растяжению единичных молекул ДНК

Полученная зависимость растяжения ДНК от приложенной внешней силы

Образование микроструи

Корреляция взаимодействий с конформациями пар оснований

Начальный этап распространения энергии деформации Энергетический профиль в момент достижения неоднородности Распространение энергии деформации вдоль струны