Отец Петра Аркадьевича - Аркадий Дмитриевич, активный участник обороны Севастополя, в период русско- турецкой войны генерал-губернатор Восточной Румелии, позднее командовал гренадерским корпусом в Москве, затем - комендант Кремлевского дворца. Мать, Наталья Михайловна Столыпина (урожденная Горчакова), дочь канцлера князя М.Д.Горчакова.
С 1862 по 1874 г.г. жил в подмосковном имении Середниково (до 1869 г.) и в имении Колноберже, Ковенской губернии учился в Виленской гимназии учился в Орловской классической гимназии. В июне 1881 года по окончании гимназии, получил аттестат зрелости, в июле подал прошение и в августе был зачислении в Санкт-Петербургский Императорский университет на естественное отделение физико-математического факультета.
Смерть Столыпина, последовавшая 5 сентября 1911 г., прервала начавшийся мирный эволюционный процесс реформирования страны, что имело трагические последствия для ее дальнейшей истории.