Доступные режимы моделиров ания First approach mode: выравнивание целевых последовательностей и шаблонов Optimise mode: представление запросов как modeling-projects от DeepView Oligomer modeling: моделирование multimeric proteins GPCR mode: Модели 7 трансмембранных спиральных части с G-белковым рецептором

SwissModel>Load Raw Sequence –загрузка целевой последовательности FastA file File>Import - загрузка целевой последовательности SWISS-PROT file

Скачивание выбранного ExPDB файла, его сохранение и открытие через Deep View BLAST оценка Нажав Detail видим цель / детали шаблона выравнивания. Экспериментальные данные: метод и разрешение Ссылка на PDB, записи о PDB веб-сайтах Описание белков SwissModel>Find Appropriate ExPDB Templates

Edit>Blast Selection vs. ExPDB: result list Выберите один присоединенный код чтобы скачать файл Finding homologous templates Finding homologous templates Edit>Blast Selection vs. ExPDB

- click Fit>Magic Fit and Fit>Generate Structural Alignment - click Fit>Iterative Magic Fit (структурное выравнивание будет выполнено автоматически) Целевая последовательность Шаблоны Целевая последовательность Унифицированные шаблоны

Click Fit>Fit Raw Sequence для генерации последовательности согласованной между целью и шаблоном Это обеспечит ЦП с предварительной 3D-структурой, нужной для дальнейшей корректировки и лучшего согласования Создание предварительная 3D-структуры для цели

Внимание разрыв Удален пробел Оригинальный разрыв Перемещенный разрыв

Длинные связи соответствуют пробелам в последователь ности-мишени Глобальны е потоки энергии. Фланговые пробелы в энергии аминокислотных последовательностей. Нахождение разрыва ниже нулевого уровня

SwissModel>Submit Modelling Request: Swiss-Model Optimise Mode Адрес Вашей электронной почты, имя и название проекта Скопируйте первую строку в текстовое поле или нажмите кнопку Browse, чтобы выбрать ваш проект Before submitting the modeling-projectAfter submitting the modeling-project

Обеспечивает быстрое отображение реального времени и высокую частоту кадров рендеринга Наиболее подходящий режим для прямого работы В этих режимах можно применять все команды DeepView, включая все вычислительные и установочные инструменты

Display>Use OpenGL Rendering and Display>Render in solid 3D Preferences > Surfaces: Preferences > Ribbons: Preferences > 3D Rendering

Нажмите Display>Stereo View :включения и выключения стерео визуализации Swiss-PdbViever поддерживает три различных режима стерео: red and blue, side by side, and hardware stereo

Перекрывание изображений отображаются на дисплее. Красное изображение поворачивается -2 градуса вокруг вертикальной оси, а синее изображение - +2 градуса Preferences>Stereo Display Очки

Оба изображения слегка наклоненный влево, каждый глаз будет видеть несколько иную сторону объекта и мозг будет сочетать в себе два изображения в 3D-объект Настройка Stereoscopic View Settings - разделение, в пикселях: чем дальше друг от друга изображения, тем труднее поддерживать 3D - угол поворота в градусах

Режим выше / ниже стерео (Above/Below, АВ): двойная вертикальная синхронизация экрана: первая половина экрана (слева) освещается,изображение восходит к верхней части экрана и отображает в нижней части уже справа. Изображения отображаются попеременно на экране с очень высокой частотой Истинное стерео OpenGL: различные буфера экрана для левого глаза и правого глаза; переключение выполняет графическая карта при отправке соответствующего сигнала на излучатель Нет потери разрешения экрана

For using BLAST and importing PDB files, you must define the Web server: