Структура курсов информатики и биоинформатики. Банки данных Архивные (примеры: PDB, GenBank) за содержание каждой записи отвечает её автор-экспериментатор.

Презентация:



Advertisements
Похожие презентации
Биоинформатика Исследование информационных процессов в биологических системах (клетках, органах, организме, популяции). Изучение и внедрение в компьютерную.
Advertisements

Что такое биоинформатика? Банк SwissProt С.А.Спирин 7, 8,10 февраля 2006 г., ФББ МГУ.
Биоинформатика Область науки, в которой решаются биологические задачи с помощью вычислительных методов математики и информационных технологий.
Профессиональные банки последовательностей – UniProt, SwissProt, TrEMBL О.Занегина
Что такое биоинформатика? Банк SwissProt С.А.Спирин 7, 8,10 февраля 2006 г., ФББ МГУ.
DNA vs. computer 1.Про 5-3 и всякую химию 2.Про банки данных (архивные vs. курируемые) 3.Святая троица EMBL – GenBank – DDBJ 4.Собственно EMBL, его разделы,
Pfam, ProSite, InterPro,... Банки структурной биологической информации GenBank, ENA(EMBL), DDBJ RefSeq Архивные базы последовательностей нуклеиновых кислот.
The PIR-PSD current release 78.03, November 24, 2003, contains entries. 65 proteins The PIR was established in 1984 by the National Biomedical.
Gtcactaaatactttaaccaatataggcatagcgcacagacagataaaaattacagagtacacaacatccatgaaacgcattagcaccaccattaccaccaccatcaccattacca gcttttcattctgactgcaacgggcaatatgtctctgtgtggattaaaaaaagagtgtctgatagcagcttctgaactggttacctgccgtgagtaaattaaaattttattgactta.
Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, gold standard белковой аннотации. Аннотация выполнена вручную группой профессиональных.
Банки информации в молекулярной биологии С.А.Спирин 11/III – 2006.
Стандартная запись Swiss-Prot. Стандартные поля: entry, name, origin Название записи, уникальный идентификатор (ID), предыдущие идентификаторы соответствующей.
Молекулярный филогенез. ancestor descendant 1 descendant 2 Предположение: жизнь - монофилетична Любые два организма имеют общего предка в прошлом.
Вводная лекция Курс «Биоинформатика» ф-т биоинженерии и биоинформатики МГУ А.Б.Рахманинова, 4/IX – 2009 использованы материалы лекций С.А.Спирина (2006)
Решение задач биоинформатики при помощи веб - и интернет - сервисов.
Вводная лекция Курс «Биоинформатика» ф-т биоинженерии и биоинформатики МГУ А.Б.Рахманинова, 3/IX – 2007, использованы материалы лекции С.А.Спирина, 2006.
Семейства белков Паттерны и профили I курс, весна 2009, О.Н. Занегина.
Gtcactaaatactttaaccaatataggcatagcgcacagacagataaaaattacagagtacacaacatccatgaaacgcattagcaccaccattaccaccaccatcaccattacca gcttttcattctgactgcaacgggcaatatgtctctgtgtggattaaaaaaagagtgtctgatagcagcttctgaactggttacctgccgtgagtaaattaaaattttattgactta.
Gtcactaaatactttaaccaatataggcatagcgcacagacagataaaaattacagagtacacaacatccatgaaacgcattagcaccaccattaccaccaccatcaccattacca gcttttcattctgactgcaacgggcaatatgtctctgtgtggattaaaaaaagagtgtctgatagcagcttctgaactggttacctgccgtgagtaaattaaaattttattgactta.
Выполнил: Сарбалаков А.К. Что такое биоинформатика? Исследование информационных процессов в биологических системах (клетках, органах, организме, популяции).
Транксрипт:

Структура курсов информатики и биоинформатики

Банки данных Архивные (примеры: PDB, GenBank) за содержание каждой записи отвечает её автор-экспериментатор Курируемые (пример: SwissProt) за содержание записей отвечают специальные люди кураторы Автоматические записи генерируются компьютерными программами

Pfam, ProSite, InterPro,... Банки структурной биологической информации GenBank, EMBL, DDBJ RefSeq Архивные базы последовательностей нуклеиновых кислот Автоматическая база различных последовательностей НК SwissProt Курируемая база последовательностей белков TrEMBL Автоматическая база предсказаний последовательностей белков PDB Архивная база пространственных структур макромолекул И многие другие... Банки семейств белков

Поля и записи

Банк данных Swiss-Prot 1986 Swiss-Prot – база знаний о белковых последовательностях Курируемая база данных Золотой стандарт аннотации

Банк данных Swiss-Prot Амос Байрох Руководитель группы Swiss-Prot в Швейцарском Институте Биоинформатики С 1987 поддерживается в сотрудничестве между Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) European Bioinformatics Institute (EBI)

Банк данных Swiss-Prot Статистика роста количества документов Текущий релиз 54.8 (5 февраля 2008) содержит записей

Банк данных TrEMBL Формальная трансляция всех кодирующих нуклеотидных последовательностей из банка EMBL Автоматическая классификация и аннотация TrEMBL (Translated EMBL) Текущий релиз 37.8 (5 февраля 2008) содержит записей

Тенденция объединения 2002

Банк данных UniProt UniProt (Universal Protein Resource) UniProt Knowlegebase – SwissProt+TrEMBL UniProt Archive – UniParc UniProt Reference – UniRef

~ последовательностей DDBJEMBL GenBank ttttacctctttttagtgatattgtgatatagagcaaaaatcccgacattgtgtcgggattgtttttaaactcttgttgattttaatttttcaatcgcttctttattaaagaagtagtgtgtgcc acaacactcacattgcatatcaatacggcctttatgttcggctaatatttcgtcaatttcttcatcagagatgagcagtagatgcagaactagaacgctcagcagagcagccaca gaaaaattgtacatcttgtgctggataaagattaacggtttcttcgtgatataaacgataggagtaactcttctgcagggagaccaaataattcttcatcttttactgttgctgcgagc gtagttaaatgctcaaaatcttctggtgtaccagaaccatcaggcataatttgtaataacatacctgctgccactggcttgccttcatattctccagtacgaataattaattgagtttg aagactcatattttcagtgaagtttcgatcgcccttaggaggggccgcgctttctctttcaa компьютерный поиск гена, трансляция и компьютерная аннотация UniRef (UniProt non-redundant Reference databases) PIR-PSD UniParc (UniProt Archive) последовательностей Экспертиза Базы данных научной литературы

Соотношение числа белков, представленных в разных банках Последовательностей во много раз больше, чем структур! Большинство последовательностей не аннотированы!

Документ банка данных Swiss-Prot Описание документа: идентификатор, имя, дата создания и модификации Аннотация последовательности Последовательность

Основные поля записи SwissProt ID AC DE OS OC И сама последовательность, конечно.