Анализ белковой последовательности Анализ только аминокислотную последовательность (первичную структуру) белка без боковых цепей. Предсказание физико-химических.

Презентация:



Advertisements
Похожие презентации
Компьютерный анализ белковой последовательности Анализируют только аминокислотную последовательность белка, пренебрегают взаимодействием между боковыми.
Advertisements

12 апреля 2011 г. Факультет Биоинженерии и Биоинформатики, 2 курс, весенний семестр Функции Мембранные белки. Транспортные белки.
Анализ белковой последовательности Анализ только аминокислотной последовательность (первичную структуру) белка без боковых цепей. Предсказание физико-химических.
Семейства белков Паттерны и профили I курс, весна 2009, О.Н. Занегина.
1 Органические биополимеры –белки. 1 2 Введение Из органических веществ клетки по количеству и значению на первом месте стоят белки. Для понимания сущности.
1 Экология питания Москва, Россия. 26 октября, 2010 Юмей Лиин, д.н старший научный сотрудник института оптимального здоровья Нутрилайт (NUTRILITE) Калифорния,
Белки Жизнь – это форма существования белковых тел 1)Белок – это мышцы, соединительные ткани (сухожилия, связки, хрящи). 2)Белковые молекулы включены.
Использование информационных технологий для характеристики геномов в биотехнологических исследованиях Докладчик: магистрант кафедры микробиологии Демидович.
Киназа лёгких цепей миозина THE HUMAN MYOSIN LIGHT CHAIN KINASE.
Презентацию подготовили ученики 9 «А» класса лицея 1581 Семчук Иван и Макаров Сергей.
Метрологические характеристики современных методов анализа 1.Аналитическая химия, как основа методов изучения и контроля химического состава веществ в.
История изучения Белка
Биоинформатика Область науки, в которой решаются биологические задачи с помощью вычислительных методов математики и информационных технологий.
Белки. Кузнецова Т.В. МОУ Школа 146 г.о. Самара. «Жизнь – это форма существования белковых тел ». Ф.Энгельс.
Белки Презентация ученицы 11- П класса Михеевой Анастасии.
Выполнили: Ахмедова Эльмира Иевлева Катя, 10б класс 2013 год.
Белки. Белки Жизнь – это форма существования белковых тел Белок – это мышцы, соединительные ткани (сухожилия, связки, хрящи). Белковые молекулы включены.
Выравнивание … … последовательностей белков и его биологический смысл.
Инструкция Swiss PDB Viewer Выполнила: Магистрант 1 года Авсиевич Т. И.
Белки: состав и строение. Автор: учитель биологии МОУ «Лицей 37» г. Саратова Киселева О.Н.
Транксрипт:

Анализ белковой последовательности Анализ только аминокислотную последовательность (первичную структуру) белка без боковых цепей. Предсказание физико-химических параметров белка Предсказание продуктов расщепления протеазами Гидрофобные, гидрофильные участки: например, трансмембранные сегменты Пост-трансляционные модификации Функциональные домены, принадлежность к функциональным семействам Фолдинг Клеточная локализация

Анализ белковой последовательности The ExPASy server – протеомика The Swiss EMBnet – coiled-coil участки, выравнивания и др. The CBS Prediction Servers – локализация, пост-трансляционные модификации…

ProtParam - предсказание физико-химических параметров белка

ProtParam Молекулярный вес Аминокислотный состав Extinction coefficient – коэффициент поглощения (280 nm) Instability (менее 40 – хорошо) – нестабильность в эксперименте (test tube, статистика дипептидов) Half-life (yeast in vivo, mammalian reticulocytes in vitro, Escherichia coli in vivo) Алифатический индекс Grand average of hydropathicity (GRAVY) гидрофильность – (-), гидрофобность – (+)

Compute pI/Mw

PeptideMass

PeptideMass - output

PeptideCutter

PeptideCutter - output

Метод скользящего окна Анализируется последовательность в несколько аминокислот, параметр усредняется по окну. Значение приписывается средней аминокислоте. Output – график Seq. LQAPVLPSDLLSWSCVGAVGILALVSFTCV Window 1 Window 2 Window 3 Размер окна должен соответствовать характерному размеру анализируемого свойства (для ТМ – 19!) Методы, основанные на технике скользящего окна, как правило, не интерпретируют результаты. При интерпретации важно: Учитывать только очень четко выраженные сигналы Не зависящие от параметров программы – размера окна, конкретного метода и т.п.

Предсказание трансмембранных сегментов: ProtScale 56 аминокислотных шкал (с литературными ссылками), скользящее окно -> выбор ширины окна

ProtScale - output

Более сложное предсказание трансмембранных сегментов: TMHMM Transmembrane beta barrel prediction: PROFtmb ( ); PRED-TMBB ( TBBPred ( )

TMHMM - результаты TMHMM предсказывает сегменты, а также топологию межсегментных участков Находит только 7! TMs