PSI – BLAST Position-Specific Iterated BLAST
PSI – BLAST: назначение для поиска удаленных белков или новых представителей семейств если простой BLAST не справляется и много находок "hypothetical protein" и "similar to..."
PSI – BLAST: как работает 1 ая итерация : обычный белок - белковый BLAST Построение PSSM на основе множественного выравнивания для последовательностей с E-value
PSSM в PSI-Blast: особенности На каждой итерации можно включать / исключать последовательности в PSSM вручную PSSM созданная на основе одной БД может быть использована для поиска по другой БД
ПРИМЕР
ПРИМЕР Найденные последовательности с E-value0,005
ПРИМЕР Новые последовательности с E-value
ПРИМЕР Новых последовательностей не прибавилось – поиск сошёлся !