Белок ДНК РНК
Белок Первичная структура – последовательность аминокислотных остатков Вторичная структура – спирали и листы Третичная структура – глобулярные, фибриллярные и мембранные белки Четвертичная структура - >1 цепи
Аминокислоты
Пептидная связь
Main-chain: N-C ) N-C ) (C -C) (C -C) Геометрия связи
strong repulsionstrong repulsion weak attraction weak attraction r 0 (N…N)=3.1A Карты Рамачадрана
GLYГлицин
ALA Аланин
>ALA: -atomsПрочие
ALA, etc. GLY only Эксперимент
Вторичные структуры
Helices: Right and Left H-bonds Спирали
Right -helix -helix Правая альфа-спираль
Вторичные структуры на картах Рамачадрана
Бета листы
,twisted Закручивание бета-листов
,twisted
-шпилька с поворотом -шпилька с поворотом
turn I turn II
-сгиб -сгиб
Тройная спираль коллагена
Secondary structure transitions We may consider only potential energy, etc.: E E COORD M M COORD S(E) S COORD (E COORD ) F(E) F COORD, etc.
Globular proteins Fibrous proteins H-bonds (NH:::OC) & hydrophobic forces Membraneproteins
>purH;Escherichia coli K-12 MG1655 MQQRRPVRRALLSVSDKAGIVEFAQALSARGVELLSTGGTARLLAEKGLPVTEVSDYTGF PEMMDGRVKTLHPKVHGGILGRRGQDDAIMEEHQIQPIDMVVVNLYPFAQTVAREGCSLE DAVENIDIGGPTMVRSAAKNHKDVAIVVKSSDYDAIIKEMDDNEGSLTLATRFDLAIKAF EHTAAYDSMIANYFGSMVPAYHGESKEAAGRFPRTLNLNFIKKLDMRYGENSHQQAAFYI EENVKEASVATATQVQGKALSYNNIADTDAALECVKEFAEPACVIVKHANPCGVAIGNSI LDAYDRAYKTDPTSAFGGIIAFNRELDAETAQAIISRQFVEVIIAPSASEEALKITAAKQ NVRVLTCGQWGERVPGLDFKRVNGGLLVQDRDLGMVGAEELRVVTKRQPSEQELRDALFC WKVAKFVKSNAIVYAKNNMTIGIGAGQMSRVYSAKIAGIKAADEGLEVKGSSMASDAFFP FRDGIDAAAAAGVTCVIQPGGSIRDDEVIAAADEHGIAMLFTDMRHFRH* >t3455;Salmonella enterica serovar Typhi Ty2 MQQRRPVRRALLSVSDKAGIIEFAQALSARGVELLSTGGTARLLAEKGLPVTEVSDYTGF PEMMDGRVKTLHPKVHGGILGRRGQDDAIMEQHHIAPIDMVVVNLYPFAETVAREGCSLA DAVENIDIGGPTMVRSAAKNHKDVAIVVKSSDYDAIIKEMDANEGSLTLDTRFDLAIKAF EHTAAYDSMIANYFGSMVPAYHGESKEAAGRFPRTLNLNFIKKQDMRYGENSHQQAAFYI EENVKEASVATAQQIQGKALSYNNIADTDAALECVKEFNEPACVIVKHANPCGVAVSTSI LDAYDRAYKTDPTSAFGGIIAFNRELDAETAQAIISRQFVEVLIAPSASEEALKITSAKQ NVRVLTCGQWASRVPGLDFKRVNGGLLVQDRDLGMVSEAELRVVSKRQPTEQELRDALFC WKVAKFVKSNAIVYAKENMTIGIGAGQMSRVYSAKIAGIKAADEGLEVKGSAMASDAFFP FRDGIDAAAAVGVSCVIQPGGSIRDDEVIAAADEHGIAMIFTDMRHFRH*Последовательность
ДНК
РНК
тРНК
Последовательность