Ген-ориентированные базы данных и геномные браузеры Что такое ген-ориентированные базы данных? Самые простые примеры таких БД Примеры геном-ориентированных.

Презентация:



Advertisements
Похожие презентации
Молекулярный филогенез. ancestor descendant 1 descendant 2 Предположение: жизнь - монофилетична Любые два организма имеют общего предка в прошлом.
Advertisements

Решение задач биоинформатики при помощи веб - и интернет - сервисов.
Стандартная запись Swiss-Prot. Стандартные поля: entry, name, origin Название записи, уникальный идентификатор (ID), предыдущие идентификаторы соответствующей.
Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, gold standard белковой аннотации. Аннотация выполнена вручную группой профессиональных.
Браузер для генома п. Лисий Нос 7 ноября 2013 Симонов Сергей Александрович к.ф.-м.н. Центр Геномной Биоинформатики им Ф. Добржанского, СпБГУ.
Комплексный подход для формального описания, графического представления и моделирования широкого круга биологических и других сложных систем Biosoft.Ru.
Online коллекция оксфордских журналов поиск и расширенный поиск журналов.
Microarray gene expression profiling analysis combined with bioinformatics in multiple sclerosis К. Федоров.
Обзор функциональных возможностей Vector NTI Подготовил: Кликич Евгений Николаевич, студент 4 курса.
SCOP - Structural Classification Of Proteins Организована в соответствии со структурными семействами белков. Иерархическая система.
Инструменты невидимой веб Инструменты для поиска баз данных не в HTML –Complete Planet –Librarians Index to the Internet
BLAST Что такое выравнивание Выравнивание 2х последовательностей BLAST на NCBI: –Что это такое –Как выбрать правильную программу –Как выбрать правильную.
Pfam, ProSite, InterPro,... Банки структурной биологической информации GenBank, ENA(EMBL), DDBJ RefSeq Архивные базы последовательностей нуклеиновых кислот.
Филогенетические деревья (продолжение) Филогенетические деревья и таксономия организмов Сравнение деревьев Реконструкция филогении (общая схема) Расстояния.
Что можно делать с одиночной последовательностью ДНК? Как исключить векторные фланки? Рестрикционная карта Вашей последовательности Дизайн праймеров Анализ.
S2-1MVI320, Section 2, June 2001 Раздел 2 Знакомство с пользовательским интерфейсом MSC.Mvision Builder и Evaluator.
это десятки миллионов Web-серверов Интернета, содержащих Web-страницы, в которых используется технология гипертекста. Технология WWW позволяет создавать.
Биоинформатика Область науки, в которой решаются биологические задачи с помощью вычислительных методов математики и информационных технологий.
Таблицы смертности. Основные показатели в таблице смертности.
Поисковые системы SRS, MRS, Expasy, Entrez О.Н.Занегина.
Транксрипт:

Ген-ориентированные базы данных и геномные браузеры Что такое ген-ориентированные базы данных? Самые простые примеры таких БД Примеры геном-ориентированных баз данных и геномные браузеры Human Genome Browser

Что такое ген-ориентированные базы данных? Единица исследования – ген (а не экспериментальная последовательность) Призваны снабжать информацией по конкретному гену, а непоследовательностям, относящимся ко данному конкретному гену – интегрируют все такие части в единое целое за Вас

Первый пример – Gene Entrez (бывший LocusLink) в NCBI Единица – генетический локус – конкретное место на хромосоме, кодирующее данный белок и/или соответствующее данному гену

DUT ген человека

Продолжение записи: Bibliography –Related Articles in PubMed –GeneRIFs: Gene References Into Function Interactions General gene information –Markers –Genotypes –Pathways –Homology GeneOntology General protein information (Names, ECs, ACs) NCBI Reference Sequences (RefSeq) –mRNAs and proteins –Reference assembly + Alternate assembly: Genomic Related Sequences (links between ACs of different types) Additional Links (OMIM, PharmGKB, HRDP, UniGene)

MapViewer

Геномные базы данных Объект – полный геном Возможность одновременно изучать все гены одного генома Сравнение друг с другом целых геномов – сравнительная геномика (comparative genomics) Интеграция всей доступной информации о данном геноме Основная информация о генах, но в геномном контексте Геномные браузеры – графическое представление всей интегрированной информации NCBI -> Genomic Biology (

Вирусные геномы Под таблицей – поиск (точное название генома или любого другого уровня таксономии)

HIV2 геном

Sequence Viewer

Protein coding genes link

gMap (comparative genomics) Zoom in, zoom- out Выбрать подмножество геномов Или кластер (!) Графическая схема в каждом окне своя!

Бактериальные геномы на сайте NCBI Tools legend: T - TaxMap; P - ProtTable; C - COG Table; D - 3-D neighbors; L - BLAST; S - CDD search; G - GenePlot; X - TaxPlot; M - gMap; F - FTP; R - Publications

COG Table

COG Table – регион (Overview)

TaxMap Каждая точка – ген Положение – слева направо, сверх вниз Цвет соответствует таксону лучшего BLAST-хита Только выше выставленного порога Распределение всех бласт хитов – нижняя диаграмма Click на точку – список бласт хитов к сегменту

Genomes in progress

TIGR Comprehensive Microbial Resources Стратегия – от инструмента, а не от генома scripts/CMR/CmrHomePage.cgi

Все геномы на TIGR

Эукариоты NCBI – Map Viewer, FTP для полной последовательности, таксономические группы, ссылки на специализированные базы данных MapViewer – подобно LocusLink

Human Два основных браузера: Ensembl ( – EBI & Sanger Institute, использует свои IDs, 35 эукариотических видов Human Genome Browser ( – UCSC, USAhttp://genome.ucsc.edu/ использует GenBank IDs, 41 эукариотический вид

Ensembl Ensembl Tutorials and Worked Examples:

Human Genome Browser RefSeq ID Chr Band Gene name Coords

DUT gene (dUTPAse)

Анализ RefSeq трека

Provided tracks (types)

Custom Track Возможность визуализировать свою собственную аннотацию: места локализации каких-либо своих свойств Upload – в BED, GFF, GTF, WIG или PSL формате: Напр., chr name11+ chr name21+ chr name31-

Как это выглядит?

BLAT BLAT = BLAST с параметрами, оптимизированны ми на поиск локализации последовательно- стей в родном геноме

Table Browser