Гомологичные последовательности – последовательности, имеющие общее происхождение (общего предка). Признаки гомологичности белков сходная 3D-структура в той или иной степени похожая аминокислотная последовательность разные другие соображения…

Гомологи Ортологи Паралоги Ксенологи ? ( W.M.Fitch, Syst.Zool.19,99(1970)

Ортологи - последовательности, возникшие из одного общего предшественника в процессе видообразования. Ортологи, как правило, имеют одну и ту же функцию Паралоги - последовательности, возникшие из одного общего предшественника в результате дупликации одного гена в одном организме. Паралоги, как правило, имеют разные функции.

«Идеальное» выравнивание – запись последовательностей одна под другой так, чтобы гомологичные фрагменты оказались друг под другом. Дом Скупидом Водомерка ? Домов---ой Домов-----ой Домо-строй Задача выравнивания = задача поиска сходства. Сходство гомология ? Гэп – пропуск в последовательности

Гэп – пропуск в последовательности Как получить «оптимальное» выравнивание? Один из способов:

Мутации, рекомбинация, …. ?

Example: point mutations Silent mutation Amino acid change Termination ATA TGT ATA AAG GCA AAC TCC TGT TAA AC Ile Cys Ile Lys Ala Asn Ser Cys Stop x Frame shift

Domain insertion: Mosaic proteins Structural modules: plasminogen kringle domain EGF domain fibronectin finger domain vit. K-dependent calcium- binding domain (osteocalcin) tissue plasminogen activator urokinase prothrombin plasminogen Domain origins: trypsin-like serine protease Mosaic proteins fibronectin epidermal growth factor (EGF)

Домен – единица эволюции, структуры и функции белков. Домен – компактная, относительно независимо сворачивающаяся структура, относительно консервативная в процессе эволюции. Белки могут состоять из одного или многих доменов.

Бывает и такое…. (пример структурного выравнивания)

AAAAAAAAAA AACDEAAAA Что лучше? AAAAAAAAAA AA---AAAAAAAA AACDE-AAAA AACDE----AAAA