Суворова, Е.А. Тарасова, М.В. Куртуков, В.И. Людыно, А.Н. Суворов, ООО «НИЛ Диагностика», НИИЭМ СЗО РАМН, Военно- медицинская академия, Санкт-Петербург
Из каких микробов состоит кишечная флора? Как определить ее состав? Зачем это делать?
Наименование микроорганизмов Возраст, годы 60 Бифидобактерии Лактобактерии Бактероиды Энтерококки Фузобактерии
Наиболее распространенные обитатели кишечника (Zoetendal E., 2006)
Состав микрофлоры взрослого человека по ОСТ
Бактериологический посев Микроскопия Дыхательный тест Генно- молекулярные методы PCR/denaturing electrophoretic polyacrylamide gels (PCR/DGGE, PCR/TTGE) Fluorescent in situ hybridization/fluorescence-activated cell sorting (FISH/FC) 16S rRNA филогения Метагеномика Мета транскриптомика ПЦР в режиме реального времени
Бактериологическое исследование Исследование методом ПЦР в реальном времени Bacteroides spp. -+ Clostridium spp. (C. difficile, C. perfringens, C.butyricum) (+/-)*+ Fecalibacterium prauznitzii (основной представитель (C. leptum group) -+ Lactobacillus spp. ++ Bifidobacterium spp. ++ Escherihia coli ++ Патогенные микроорганизмы: Klebsiella pneumonia, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aerogenosa, Proteus spp. и др. ++ Enterococcus spp. ++
+ эффективность в обнаружении анаэробных бактерий + быстрота выполнения (1-2 суток) + доступные условия транспортировки анализируемого материала до лаборатории (до двух дней в холодильнике) - невозможность подбора противомикробных препаратов
- Bacteroides fragilis - Lactobacillus spp - Bifidibacterium spp - Escherichia coli Этапы исследования: 1.Выделение бактериальной ДНК 2.Амплификация специфических участков бактериального генома и детекция флуоресцентного сигнала в реальном времени 3.Расчет количественного соотношения бактерий по величине порогового цикла (абсолютное количество и отношение к общему бактериальному числу)
1. значительное увеличение числа Bacteroides fragilis и соответственно изменение количественного соотношения Bacteroides fragilis/ Fecalibacterium prauznitzii. Норма Патология (язвенный колит) - Bacteroides fragilis (Сt=23) - Fecalibacterium prauznitzii (Сt=25) - Bacteroides fragilis (Сt=16) - Fecalibacterium prauznitzii (Сt=28)
2. Выявление в диагностически значимых количествах (>10*4) представителей условно- патогенной флоры (Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumonia), в особенности штаммов, несущих гены патогенности 3. Изменение соотношения субпопуляций анаэробных бактерий, осуществляющих различные виды брожения (например, продуцентов бутирата и продуцентов пропионата)
Перечень возбудителей (всего 14) : -ротавирусы (типов А, В и С) -норовирусы (1 и 2 типа) -аденовирус (тип F) -астровирус -вирус гепатита А -парвовирус B19 -энтеровирусы -Shigella spp. -Salmonella spp. -Campylobacter spp. -энтероинвазивные Escherichia coli -Clostridium difificile (токсин А и токсин В) -Yersinia pseudotuberculosis -Yersinia enterocolitica