Важным условием для создания института послужило наличие в г.Томске научной и производственной базы: фармацевтический и медико-биологический факультеты Сибирского медицинского университета, химико-фармацевтический завод, гербарий и ботанический сад Университета. Институт фармакологии Томского научного центра СО РАМН был создан в мае 1984 года. Директором института и его организатором является академик РАМН Евгений Данилович Гольдберг.

Руководитель лаборатории патологической физиологии академик РАМН Александр Михайлович Дыгай. Работа по изучению механизмов и созданию теории регуляции кроветворения в норме и при экстремальных воздействиях удостоена премии Российской академии медицинских наук имени А.А.Богомольца и за лучшую работу в области фундаментальной медицины.

Сотрудниками института разрабатываются методы фармакологической коррекции нарушений, возникающих в системе крови при экстремальных воздействиях. Направление психофармакологических исследований - роль высшей нервной деятельности в регуляции кроветворения в условиях экспериментальных неврозов. Ведутся работы по созданию препаратов с ноотропным и противоневротическим действием из лекарственных растений и продуктов пантового оленеводства. Созданы и защищены патентами новые лекарственные препараты для лечения анемий и лейкопений различного генеза на основе производных гликозаминогликанов, лекарственных растений, рекомбинантных форм цитокинов.

Арсенал методик лаборатории фармакологии кровообращения дает возможность детально изучить разные стороны жизнедеятельности мозга в условиях сосудистых расстройств и их экспериментального лечения терапии. Разрабатываются новые подходы терапии с использованием препаратов из класса антигипоксантов, антагонистов кальция, осмотических диуретиков и гемореологических средств.

В лаборатории Молекулярной фармакологии выполнены первые в мировой практике исследования, показавшие зависимость фармакокинетики лекарственных средств от состояния системы энергопродукции организма и возможность изменения кинетики с помощью регуляторов энергетического обмена. Изучаются пути коррекции нарушений в иммунной и кроветворной системах в условиях вторичных иммунодефицитных состояний у животных с различным генотипом препаратами природного происхождения. В лаборатории фитофармакологии показано, что достижение адаптации с помощью фитопрепаратов может развиваться различными путями, в частности, посредством достижения толерантности или резистентности. Разработана классификация адаптогенов.