Тема диссертации «Генетическая и количественная оценка ВИЧ в биологических жидкостях при различном состоянии иммунной системы инфицированных пациентов» Научные руководители:академик РАМН Н.А.Беляков д.б.н., профессор М.Р.Бобкова Специальность:патологическая физиология клиническая лабораторная диагностика

Цель исследования Изучить количественные и генетические особенности ВИЧ в биологических жидкостях инфицированных пациентов при различном состоянии иммунной системы для определения особенностей течения ВИЧ-инфекции

Таксономическое дерево ВИЧ

Географическое распределение субтипов ВИЧ

Задачи исследования Оценить генетическую характеристику ВИЧ в популяции ВИЧ-инфицированных пациентов до внедрения и на фоне широкого применения ВААРТ. Изучить количественные и генетические особенности ВИЧ в спинномозговой жидкости и плазме у пациентов с нарушениями функций ЦНС. Провести сопоставление вирусной нагрузки и генетического разнообразия ВИЧ в плазме и цервикально-вагинальном содержимом у женщин с различной стадией ВИЧ-инфекции. Определить взаимосвязи между количественными и генетическими характеристиками ВИЧ и содержанием СD4-лимфоцитов в крови.

Ожидаемые результаты исследования в процессе исследований будет определен спектр циркулирующих в Санкт-Петербурге генетических вариантов ВИЧ и изучен уровень передающейся резистентности; будет проведено сопоставление вирусной нагрузки в различных биологических жидкостях у пациентов с различной стадией ВИЧ-инфекции; в результате данной работы будут изучены генетические особенности вариантов ВИЧ, полученных из различных биологических материалов у одного и того же пациента, в том числе в динамике.

Научная новизна В настоящее время мутации устойчивости и их распространенность лучше всего изучены для ВИЧ подтипа B, относительно редко встречающегося на нашей территории. Планируется изучить распространенность и спектр генетической неоднородности вариантов ВИЧ, циркулирующих в Санкт-Петербурге до и на фоне широкого применения ВААРТ. Впервые будут проведены репрезентативные молекулярно-биологические исследования, характеризующие генетические варианты ВИЧ в различных биологических образцах, полученных у одного пациента. Будет дана оценка возможности и целесообразности применения для диагностики ВИЧ-инфекции различных биологических образцов.

Объем исследований Определение нуклеотидного состава гена pol ВИЧ, полученного из плазмы пациентов в гг – 1200 образцов Изучение вирусной нагрузки ВИЧ, нуклеотидного состава гена pol и содержания CD4-клеток в образцах СМЖ и плазмы крови – 120 парных образцов Изучение вирусной нагрузки ВИЧ в цервикально- вагинальных мазках и плазме крови и содержания CD4-клеток в крови– 2300 парных образцов, из них 20 с определением нуклеотидного состава гена pol.

Этапы выполнения гг.- изучение литературы по теме диссертации. Освоение методик, необходимых для выполнения научно-исследовательской работы. Выполнение исследований. Подготовка и публикация статей на тему диссертации, выступления на конференциях г.- анализ и обработка полученных результатов. Оформление и защита диссертации. Подготовка методических рекомендаций по результатам научного исследования

Доли различных субтипов ВИЧ среди ВИЧ- инфицированных пациентов Санкт-Петербурга (по результатам определения нуклеотидных последовательностей гена pol в 1104 образцах, полученных с 2006 по 2011 годы)

Распределение случаев ВИЧ-инфекции, вызванной не-А субтипами по годам Среди ВИЧ-инфицированных пациентов, зарегистрированных в гг на первое место вышел половой путь инфицирования (54%), доля инъекционного пути снизилась до 38% (данные по СПб, 2011) Предположительный путь передачи не-А субтипов установлен для 70% случаев, из них половой путь – 87% Среди пациентов, инфицированных субтипом В мужчины составляли 87%, из них МСМ - 56%, инъекционный путь - 2,5% Количество случаев год неизвестен

Наиболее часто встречающиеся мутации лекарственной устойчивости

Анализ парных образцов крови и цервико- вагинальные образцов (ЦВО) КровьЦВО Всего парных образцов 2394 Образцов с неопределяемой вирусной нагрузкой ВИЧ (количество вируса ниже чувствительности теста) 705 (29,4%)1602 (66,9%) Диапазон вирусной нагрузки ВИЧ (lg копий/мл) в крови при неопределяемой вирусной нагрузке в ЦВО (количество вируса ниже чувствительности теста) 0 - 5,54 (2,15)0 Разница между вирусной нагрузкой ВИЧ в крови и ЦВО (lg копий/мл) от - 5,34 до 5,54 (1,34) Обнаружено 25 (1%) образцов ЦВО с определяемой вирусной нагрузкой ВИЧ при отсутствии вируса в крови 0 2,81 - 5,34 (3,57) Количество несовпадающих нуклеотидов в образцах крови и ЦВО в исследованном фрагменте pol гена (11 пар) 6 – 32 (20) Коэффициент корреляции между lg вирусной нагрузки ВИЧ в крови и ЦВО 0,63 (p

Анализ парных образцов крови и спинномозговой жидкости КровьСМЖ Всего парных образцов 119 Разница между вирусной нагрузкой ВИЧ в крови и СМЖ (lg копий/мл) от - 1,72 до 5,2 (1,3) в том числе 6% образцов с вирусной нагрузкой в СМЖ, превышающей нагрузку в крови более, чем на 0,3 lg копий/мл 1 – 4,71,8 - 5,4 Коэффициент корреляции между lg вирусной нагрузкой ВИЧ в СМЖ и крови у "наивных" пациентов 0,35 (p=0,0003) Количество несовпадающих нуклеотидов в образцах крови и СМЖ в исследованном фрагменте pol гена (75 пар) (22) Коэффициент корреляции между количеством несовпадающих нуклеотидов и длительностью заболевания ВИЧ-инфекцией 0,48 (p

Спасибо за внимание