Функции Повторение Д.А. Равчеев (31 марта 2009 г.) Факультет Биоинженерии и Биоинформатики, 2 курс, весенний семестр.

Презентация:



Advertisements
Похожие презентации
Функции. Ферменты. Метаболические пути. А.Б.Рахманинова, 2010.
Advertisements

Функции II. Классификация. Зачем? А.Б.Рахманинова (6 марта 2006 г.)
Физическая химия биополимеров Лаврик О.И.. 1. Структурная организация активного центра ферментов. Строение активных центров ферментов на примерах карбоксипептидазы,
Я Ферме́нты или энзи́мы (от лат. fermentum, греч. ζύμη, νζυμον закваска) обычно белковые молекулы или молекулы РНК(рибозимы) или их комплексы, ускоряющие.
Ферме́нты или энзи́мы (от лат. fermentum) обычно белковые молекулы или молекулы РНК (рибозимы) или их комплексы, ускоряющие (катализирующие) химические.
Выполнил : ученик 11 Б класса ГБОУ СОШ 1924 Чукашов Илья. Руководитель : учитель химии Демидова Е. Н. г. Москва, уч. год.
Стандартная запись Swiss-Prot. Стандартные поля: entry, name, origin Название записи, уникальный идентификатор (ID), предыдущие идентификаторы соответствующей.
Выполнила Ученица 10А класса Средней школы 2 Мороз Надежда.
1 Краткая аннотация курса. Курс лекций предназначен для студентов биологических и химических, а также медицинских факультетов университетов и ВУЗов. В.
Функции белков, их проявление. Примеры. Работу выполнила ученица 10А класса МОУ СОШ г.Искитима НСО Михалёва Александра.
Семейства белков Паттерны и профили I курс, весна 2009, О.Н. Занегина.
Презентация к уроку по биологии (9 класс) по теме: презентация биосинтез белков
Ферменты выполняют и множество других функций. Они катализируют разнообразные реакции синтеза, включая образование тканевых белков, жиров и углеводов.
Современные представления о регуляции метаболизма Курс лекций для студентов МБФ Говорун В.М.
Выполнил: Сарбалаков А.К. Что такое биоинформатика? Исследование информационных процессов в биологических системах (клетках, органах, организме, популяции).
Белки́ (протеи́ны, полипепти́ды[1]) высокомолекулярные органические вещества, состоящие из соединённых в цепочку пептидной связью альфа-аминокислот. В.
12 апреля 2011 г. Факультет Биоинженерии и Биоинформатики, 2 курс, весенний семестр Функции Мембранные белки. Транспортные белки.
Выравнивание биологических последовательностей А.Б.Рахманинова, С.А.Спирин 2005–2008.
ВАЖНАЯ БИОЛОГИЯ в ИКТ Выполнила : студентка 2 курса Синельникова Анастасия.
ЕГО ВЕЛИЧЕСТВО ГЕН Проект юных химиков Руководитель Караваева Н.М. Гимназия 1 имени А.Н.Барсукова.
Транксрипт:

Функции Повторение Д.А. Равчеев (31 марта 2009 г.) Факультет Биоинженерии и Биоинформатики, 2 курс, весенний семестр

Функции Интуитивно: роль, предназначение продукта гена

Функции Интуитивно: роль, предназначение продукта гена Формально: ЧТО? Молекулярная функция КАК? Молекулярный механизм ГДЕ? Локализация ЗАЧЕМ? Биологический процесс (метаболический путь, сигнальный путь и др.)

Эксперимент – прямой и генетический Компьютерная аннотация задача поиска ортологов, ….. Сообщение Как узнать функцию?

Updated August 29st, 2007 By similarity 1098 RNAs, 156 Miscellaneous, 27 Unknown 598 Experimental 2121 A Summary of the E. coli Chromosome

Проблема неоднозначности терминологии

1.3 независимых словаря терминов 1.Molecular Function (Как? С чем?) 2.Biological Process (Зачем?) 3.Cellular Component (Где?) 2.Термины имеют определение и перечень синонимов. 3.Термины в пределах одной онтологии связаны отношениями is_a", is_part_of 4.Термины имеют стандартные идентификаторы "A is B" означает, что А частный случай В "A is part of B" означает, что А часть В, но В не обязательно содержит А. GO: попытка формализации

Функции Классификация ферментов EC (Enzyme Commission) number

Сколько всего разных функций бывает? А сколько клетке нужно? Генов с какими функциями больше всего в геноме? Зачем? Насколько отличаются наборы функций у разных организмов? Можно ли предсказать функцию по структуре или последовательности? Вопросы

Пробуем выделить классы белков по функции Молекулярные машины – рибосома, АТФ-синтетаза Ферменты - РНК зависимая РНК полимераза Регуляторные белки – регулируют биологические процессы, например, активность ферментов – TetR Хранение и транспорт (ионов, маленьких молекул) – гемоглобин Транспорт через мембраны – TetA Секреторные взаимодействие с другими клетками – инсулин Структурные Другие ……….

Классификация ферментов сделана лучше, чем классификации всех белков Организации: IUPAC: International Union of Pure and Applied Chemistry ( IUPAC-IUBMB: International Union of Biochemistry and Molecular Biology ( Классификация ферментов: Enzyme Nomenclature ( Классификация основана на EC number (например, EC ) Классифицируются не белки, а катализируемые ими реакции!

EC (Enzyme Commission) number определяет иерархическую классификацию ферментов

Шесть основных классов ферментов ЕС 1 – оксидоредуктазы (oxidoreductases). ЕС 2 – трансферазы (transferases). ЕС 3 – гидролазы (hydrolases). ЕС 4 – лиазы (lyases). ЕС 5 – изомеразы (isomerases) ЕС 6 – лигазы (ligases).

GroupReaction catalyzedTypical reaction EC 1 Oxidoreductases To catalyze oxidation/reduction reactions; transfer of H and O atoms or electrons from one substance to another AH + B A + BH (reduced) A + O AO (oxidized) EC 2 Transferases Transfer of a functional group from one substance to another. The group may be methyl-, acyl-, amino- or phosphate group AB + C A + BC EC 3 Hydrolases Formation of two products from a substrate by hydrolysisss AB + H 2 O AOH + BH EC 4 Lyases Non-hydrolytic addition or removal of groups from substrates. C-C, C-N, C-O or C-S bonds may be cleaved RCOCOOH RCOH + CO 2 EC 5 Isomerases Intramolecule rearrangement, i.e. isomerization changes within a single molecule AB BA EC 6 Ligases Join together two molecules by synthesis of new C-O, C-S, C-N or C-C bonds with simultaneous breakdown of ATP X + Y+ ATP XY + ADP + Pi

Общепринятая иерархическая классификация ферментативных реакций EC 1 Oxidoreductases EC 1.1 Аcting on the CH-OH group of donors EC With NAD or NADP as acceptor EC alcohol dehydrogenase EC With a cytochrome as acceptor EC 1.2 Acting on the aldehyde or oxo group of donors EC 2 Transferases EC 2.1 Transferring one-carbon groups EC Methyltransferases EC nicotinamide N-methyltransferase EC 3 Hydrolases EC 4 Lyases EC 5 Isomerases ЕC 6 Ligases

Три описания белка. Как они связаны? Последовательность Функция 3Dструктура ? ? ?

Последовательность определяет структуру Функция 3Dструктура ? ? структуры …. почти одинаковы до Id 20% Последовательность

Пространственные структуры более консервативны, чем последовательности. Высокое сходство структур свидетельствует о гомологии Внутри одного класса 3D- структур можно найти белки с seq. id 20%. Гемоглобин свиньи и миоглобин кита Сходство последовательностей Сходство структур

Вопросы о ферментах Один белок – один EC код? (нет) Гомологичные белки – одинаковые EC коды? (в какой-то мере, да, но не всегда) Одинаковые EC коды – гомологичные белки? (часто, но не всегда!)

структуры практически одинаковы, если Id>20% Функция 3Dструктура до Id~40% функция ферментов сохраняется c Р~90% Последовательность ?

Структура и функция Оксидоредуктазы EC 1.*.* Гидролазы EC 3.*.* Лиазы EC 4.*.* Изомеразы EC 5.*.* Дивергентная эволюция функции на базе одной структуры

Структура и функция Конвергентная эволюция функций CAH_METTE CAH5_MOUSE ЕС Карбангидраза H 2 CO 3 = CO 2 + H 2 O