Гомологичные последовательности – последовательности, имеющие общее происхождение (общего предка). Признаки гомологичности белков сходная 3D-структура в той или иной степени похожая аминокислотная последовательность разные другие соображения…

Гомологи Ортологи Паралоги Ксенологи ? ( W.M.Fitch, Syst.Zool.19,99(1970)

Ортологи последовательности, возникшие из одного общего предшественника в процессе видообразования. Ортологи, как правило, имеют одну и ту же функцию Паралоги последовательности, возникшие из одного общего предшественника в результате дупликации одного гена в одном организме. Паралоги, как правило, имеют разные функции.

Гэп – пропуск в последовательности Задача выравнивания = задача поиска сходства. Сходство не то же, что гомология !

«Идеальное» выравнивание – запись последовательностей одна под другой так, чтобы гомологичные фрагменты оказались друг под другом. домовой скупидом водомерка ? лесовоз---лесо---воз ледоходлед---оход--- ? Гэп – пропуск в последовательности

Схожие 3D структуры Вставка в «синей» последовательности

Мутации, рекомбинация, …. ?

Точечные мутации Молчащая Замена остатка Терминация ATA TGT ATA AAG GCA AAC TCC TGT TAA AC Ile Cys Ile Lys Ala Asn Ser Cys Stop x Сдвиг рамки

Конверсия гена: Non-reciprocal recombination Рекомбинация Кроссинговер: Reciprocal recombination 2:23:1

25 белков 9 белков 2 белка 12 белков 223 белка 243 белка 507 белков ЕС ЕС ЕС Домены и многодоменные белки

Домен – единица эволюции, структуры и функции белков. Домен – компактная, относительно независимо сворачивающаяся структура, относительно консервативная в процессе эволюции. Белок может состоять из одного или многих доменов.

Бывает и такое…. (пример структурного выравнивания)

AAAAAAAAAA AACDEAAAA Что лучше? AAAAAAAAAA AA---AAAAAAAA AACDE-AAAA AACDE----AAAA