Программа MEME Множественное локальное выравнивание

Локальное выравнивание довольно часто имеет больший биологический смысл, чем глобальное МЕМЕ – наиболее популярная программа множественного локального выравнивания MEME находит блоки, т.е.участки локальных выравниваний без гэпов

Онлайн форма MEME Следует заполнить: 1. 2.Загрузить файл с последовательностям и в FASTA-формате ( или paste в текстовое поле ) 3.Указать, сколько раз найденный блок может встречаться в заданном выравнивании Один От нуля до одного Любое число раз

Основные результаты MEME Для каждого блока SEQUENCE LOGO log likelihood ratio(LLR) E-value p-value PSSM (position- specific scoring matrix PSPM (position- specific probability matrix)

MEME vs Muscle Блоки MEME не обязательно во всех последовательностях Блоки MEME могут не совпадать с выравниванием Muscle

PSSM (position-specific scoring matrix) LQEHFHC LQEFFHC LECYFGS

Motif file name: MEME motifs from sequences in file pasted_sequences. Number of motifs: 1 Total motif columns: 46 Motif alphabet: PROTEIN Database to search: Protein Data Bank (peptide and nucleotide) (pdb.aa) Displaying sequences with E-value < 10 Motif display threshold: motif p-value <

Основные результаты MAST