Эволюция геномов М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс.

Презентация:



Advertisements
Похожие презентации
Эволюция геномов М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс, ШБ 2 год, ПФУ Весна 2013.
Advertisements

Репродукция вирусов. Только внедряясь в клетку-хозяина вирус может воспроизводить себе подобных, он подавляет процессы транскрипции и трансляции веществ,
Павлий Татьяна ученица 10 класса МОУ Еланская сош 2009г.
Мутационная изменчивость Подготовили Середина Анастасия Копылова Виолетта 11 А Мутационный процесс как главный источник изменений, приводящий к различным.
Новые подходы к систематике организмов. Э. Геккель выделил 3 царства: животные, растения, протисты (в нем диатомовые, амебы, губки, и др.); грибы и бактерии.
Эпигенетика. II Что такое эпигенетика? Эпи – над (по гречески) Наследственные изменения в генах без изменения последовательности ДНК Сайленсинг генов.
Содержание: Что такое «библиотека генов?» Этапы создания геномов библиотек Скрининг геномных библиотек Банк генов Способы получения фрагментов ДНК, на.
Биоинформатика: биологические тексты М.С.Гельфанд 29 октября 2006 Первый фестиваль науки МГУ Факультет биоинженерии и биоинформатики.
Эволюция жаберных дуг. Эволюция артериальных жаберных дуг рыб.
Обмен веществ Курс I Какое из перечисленных соединений образуется во время транскрипции: АТФ ДНК И - РНК белок.
МОУ Аннинская СОШ 6 Учитель биологии, высшей квалификации: Татаринцева Е.М.
Государственное общеобразовательное учреждение вечерняя (сменная) школа 153 Фрунзенского района Урок – викторина «Удивительный мир клетки» Учитель биологии.
Сравнительный анализ последовательностей ДНК БиБи 4 курс Осень 2005.
3. РЕГУЛЯЦИЯ. Размеры геномов Бактерии: – (~3 мм) –Escherichia coli: Дрожжи: – Drosophila: Растения:
ВИРУСЫ, ОТЛИЧИЯ ОТ ДРУГИХ МИКРООРГАНИЗМОВ. ФОРМЫ СУЩЕСТВОВАНИЯ ВИРУСОВ. КЛАССИФИКАЦИЯ ВИРУСОВ. СТРОЕНИЕ ВИРИОНА. СТАДИИ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ С ВОСПРИИМЧИВОЙ.
Репарация ДНК. Мутации.. План лекции: 1.Репарация ДНК. Виды мутаций. 2.Биохимический полиморфизм. Биологическая роль. 3.Ингибиторы матричных синтезов.
Теории происхождения вирусов. Существует 3 основных концепции происхождения вирусов: 1.Вирусы потомки бактерий и других одноклеточных организмов, претерпевших.
ОСНОВЫ БИОТЕХНОЛОГИИ МОЛЕКУЛЯРНЫЕ ОСНОВЫ СЕЛЕКЦИИ Лекция 3.
Сравнительная геномика регуляторных и метаболических систем М. Гельфанд ИППИ РАН Отчетная конференция программы «Моекулярная и клеточная биология» Апрель.
Министерство образования и науки Республики Казахстан Казахский национальный университет имени аль-Фараби « Роль мобильных генетических элементов в эволюции.
Транксрипт:

Эволюция геномов М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс

Статус гена в геноме PPI – количесто белок- белковых взаимодействий EL – уровень экспрессии KE – летальность нокаутов ER – скорость эволюции PGL – вероятность потери в геноме NP – количество паралогов GI – количество геномных взимодействий

Гены и геномы - деревья Дерево генов может не совпадать с деревом видов –Дупликации –Делеции –Горизонтальные переносы

Задача согласования деревьев «вложение» дерева видов в дерево генов с минимальным числом дупликаций и делеций –(минимальное) количество дупликаций и делеций связано (чем раньше дупликации и чем их больше, тем больше делеций), так что можно минимизировать одновременно … и горизонтальных переносов –Проблема: как взвешивать события? Всегда можно обойтись минимальным числом дупликаций и очень многими делециями без переносов И наоборот – одними переносами

Альтернативные подходы к идентификации горизонтальных переносов Не тот ближайший родственник (митохондрии, термотога, аквифекс) Гены, которые слишком близко друг к другу (много ближе, чем полагается для данной пары геномов) –Ср. контроль ортологичности Упражнение: как будут выглядеть дерево и график, если геном Х известен и есть еще более далекий Z?

примеры По горизонтали – расстояние между геномами По вертикали – расстояние между генами

Геномные перестановки

Полногеномные дупликации

Дрожжи

Можно обойтись без пар

Влияние внутри- геномных перестановок после дупликации: хромосомная мозаика

Геномы и виды Хромосомная нестабильность –У человека и шимпанзе разное число хромосом –Слепушонки Симбиогенез –Митохондрии и хлоропласты. Нуклеоморф –Buchnera и т.п. Вольбахия; осы Цихлиды и трехиглые колюшки

Виды и далее Нематоды, дрозофилы и млекопитающие (не)Монофилетические таксоны. Птицы как класс рептилий.

О происхождении жизни Археи и бактерии: –Независимое происхождение мембран (разные вещества, негомологичные пути синтеза) –Существенно разная репликация ДНК –Похожие компоненты трансляции и транскрипции –Как общие, так и специфические метаболические пути