Стратегия Российской империи была направлена на укрепление своих позиций на ранее завоеванных территориях Средней Азии. Россия готовилась к военному походу на Хивинское ханство на протяжении пяти лет.

В 1864 году русские войска напали на Коканд и Бухару. Эти ханства были ослаблены ожесточёнными войнами и испытывали потребность в обученном контингенте. Они терпели одно поражение за другим. К 1868 году значительная часть Коканда и Бухары была оккупирована. На тот момент неоккупированной оставалась только Хива. Но её судьба уже была предопределена. Царь попытался «открыть» Хиву русским предпринимателям. В 1867 году учредили должность Туркестанского генерал-губернатора Сырдарьи и Семиреченска. И первым генерал- губернатором стал К.Ф. Кауфман.

По прибытию в Туркестан, он направил письмо хивинскому хану, выражая надежду на развитие дружеских отношений. Но хан не проявил никакого интереса к расширению экономических и политических отношений со своим могущественным соседом. После того, как он не ответил на письмо, осенью 1863 года ему было отправлено новое письмо в более резких тонах и намёком о такой же судьбе, выпавшей на долю Бухары и Коканда, которых заставили «жить мирно» и «поддерживать добрые соседские отношения».

С 1839 г. начинаются вооружённые походы России против воинственного Кокандского ханства, откуда происходили частые нападения на киргизов, уже российских подданных. Оренбургскому генерал-губернатору В.А. Перовскому было поручено отправить отряд в составе 4500 человек пехоты и казаков с артиллерией, но этот поход оказался неудачным. Дойдя до Эмбы и затем с большими трудностями до Чушка-Куля Перовский увидел, что ему не преодолеть тяжестей суровой азиатской природы: люди начали болеть и умирать, верблюды падали сотнями, корма и топлива не было, и чтобы не погубить свой отряд, было решено вернуться. Для защиты пограничных селений было решено устраивать опорные пункты с постоянными гарнизонами. Так были основаны укрепления на Тургае и Иргизе, в низовьях Аму-Дарьи и на Сыр-Дарье, укрепление Раимское, Казалинск и Кармакчи.

Одновременно русские отряды продвигались в южную часть киргизской степи и со стороны Сибири. Были открыты военно- административные пункты – приказы: Каркаралинский, Кокчетавский, Акмолинский, Баян-Аульский, Уч-Букальский, Аман-Карагайский, Кокпектинский, Аягузский (в последнем в 1847 г. казаки образовали Сергиопольскую станицу, переименованную в 1860 г. в город Сергиополь). В 1843 г. русские достигли Капала (638 вёрст к югу от Семипалатинска у подножья Копальской цепи Семиреченского Алатау). Летом 1853 г. русские войска под командованием Перовского захватили кокандскую крепость Ак-Мечеть, переименовав ее в форт Перовский (в СССР – Кызыл-орда). С началом осенью того же года Крымской воны Коканд уже как союзник Турции начал против русских обширные военные действия крупными силами, однако в бою за форт Перовский в декабре 1853 г. 12- тысячное войско кокандцев было разгромлено русскими (численностью 1055 бойцов).

22 августа 1875 г. генерал Кауфман окончательно разгромил кокандцев, потерявших более 2 тысяч убитыми; потери российской стороны ограничились 5 убитыми и 8 ранеными. 29 августа без выстрела был занят Коканд, 22 сентября был заключён договор с ханом Насреддином, который признавал себя слугой русского Царя. 19 февраля 1876 г. состоялось Высочайшее повеление о присоединении всей территории Кокандского ханства и образовании из неё Ферганской области, военным губернатором которой и командующим войсками был назначен отличившийся в этих походах М.Д.Скобелев.

Завоевание ханства Россией способствовало развитию местного производства. В Туркестане строились железные дороги, связывающие важные рынки и с экономной точки зрения играли важную роль для региона. Роль Хивы как торгового города возрастала. Своей современной общественной жизнью, город привлекал людей из заброшенных и запущенных регионов, предлагая им образование и культуру. Он освобождал их от патриархальной зависимости и родового предубеждения, знакомя их новыми требованиями и особенностями, связанными с городской жизнью. Таким образом, развитие Хивы неотъемлемо было связано расширением торгово- транспортных операций; в конце столетия в Хиве действовали пять крупных и одиннадцать средних российских фирм.