Учитывая то, что в настоящее время плауны являются очень малочисленной группой растений, особого значения они не имеют. Определенную роль в формировании и функционировании биоценозов, в состав которых они входят, они безусловно играют. Велико значение вымерших форм плаунов каменноугольного периода в формировании первичных почв, насыщения атмосферы кислородом и отложении каменного угля.

Каменный уголь, сформировавшийся в результате обильного развития папоротникообразных ( в том числе и плаунов ) широко применяется в различных отраслях промышленности ( энергетические отрасли, химическая и фармацевтическая промышленности ). Некоторые плауны ядовиты, содержат токсические вещества, оказывающие сильное воздействие на ЦНС. Благодаря этому применяются в медицине при лечении хронического алкоголизма, в медицинской практике используют споры плаунов в качестве детской присыпки. Плауны нашли применение в ветеринарии. Также они используются в промышленности для получения желтой и зеленой красок.

Как в природе, так и в практической деятельности человека роль хвощей незначительна. Вымершие хвощи древовидных форм сыграли немаловажную роль в образовании каменного угля во всем мире. Почти все они злостные трудноискоренимые сорняки. Осенью и зимой служат кормом для оленей и кабанов. Молодые вегетативные побеги хвоща полевого применяют в медицине. Считают, что хвощеобразные произошли от риниофитов. Их развитие шло в направлении уменьшения размеров. Все хвощеобразные, кроме хвощей, вымерли. Они не дали начала другим группам растений и представляют слепую ветвь развития.

Особое значение папоротников в природе определяется тем, что некоторые микроорганизмы и беспозвоночные животные практически не могут существовать без папоротников, ведь последние являются не только их средой обитания, но и пищей. Жизнедеятельность папоротников тесно взаимосвязана с другими представителями фауны земного шара, они влияют друг на друга как положительно, так и отрицательно : при нарушении их жизнедеятельности круговорот энергии, кислорода и прочих важных элементов может быть существенно нарушен. Кстати, значение папоротников в природе достаточно велико, так как эти растения также принимают участие в образовании кислорода, такого необходимого живому миру нашей планеты. Отрицательное значение папоротников в природе представлено пунктом о принадлежности некоторых видов папоротника к сорнякам, например, папоротник сальвиния, который быстро размножается вегетативным способом и может стать настоящей угрозой жизни водоемов, в частности их растительному и животному миру.

Некоторые папоротники являются своеобразными зелеными удобрениями. Некоторые виды азолы используются в сельском хозяйстве, они обогащают почву азотом. Вудвария вирджинская поселяется в сфагновых болотах, образуя своими корневищами сплетения, и вместе с другими болотными растениями является торфообразователем. У некоторых видов папоротников части растения употребляют в пищу. У папоротника орляка съедобны молодые закрученные завитки листьев, собирают их рано весной, в первые 2 недели их появления. Их консервируют, солят, сушат. Листья используют для супов, их жарят. В Японии и Китае из корневищ добывают крахмал. Папоротники – великолепные декоративные растения, их используют для украшения жилых помещений, в аквариумах и водоемах ( сальвиния, азола, нефролепис возвышенный, адиантум венерин волос ). Жесткие, прочные и длинные стержневые части листа папоротников используются для различных поделок. Каменный уголь, образовавшийся из отмерших древовидных папоротников – один из лучших видов топлива, сырье для химической промышленности. Из него получают горючий газ, анилиновые краски, лаки, пластмассы, лекарства, сахарин, духи.