Возник в 1947 г. как посёлок на строительной площадке буроугольного разреза в связи с началом промышленного освоения Верхнее-кабалевского месторождения Южно- Уральского буроугольного бассейна. До 1949 года официальное название посёлка Населённый пункт при строительной площадке «Башуглеразрезстрой». Неофициальное название «посёлок Бабай.» 5 октября 1949 года Президиум Верховного РСФСР Населённый пункт при строительной площадке «Башуглеразрезстрой» Куюргазинского района был отнёсен к категории рабочих посёлков с присвоением ему наименования: рабочий посёлок Кумер-Тау (в последующем название трансформировалось в Кумертау). Указом Верховного Совета РСФСР 16 февраля 1953 года посёлок получил статус города. В годах город являлся центром Кумертауского района.

Согласно Всероссийской переписи населения 2010 года в городе проживают русские 61,1 %, башкиры 19 %, татары 13 %, чуваши 3,7 %, украинцы 2 %, лица других национальностей 2,2 %.

26 февраля 2009 года ликвидирован комбинат по добыче бурого угля ОАО «Башкируголь». Теперь здесь находится Кумертауский филиал Уфимского государственного авиационного технического университета (КФ УГАТУ). Машиностроение было представлено заводом промышленных (военных) роботов «Искра» (производство вальцовых мельниц, хлебопекарного оборудования и др.) ныне банкрот. Пищевая (рыбная и др.) промышленность. Брикетная фабрика (закрыта). Кумертауская ТЭЦ. Градообразующее предприятие Кумертауское авиационное производственное предприятие (КумАПП). Город известен производством гражданских и военных вертолётов КБ имени Камова, единственных в мире вертолётов соосной схемы. В настоящее время производятся модели Ка-27, Ка-29, Ка-31, Ка-226.

В окрестностях города, вблизи деревни Канчуры функционирует Канчуринско-Мусинский комплекс подземного хранения газа (ПХГ). В 1969 году была создана Канчуринская станция подземного хранения газа. В 2004 году было создано Мусинское ПХГ. В настоящее время эти подземные хранилища газа объединены в Канчуринско- Мусинский комплекс ПХГ. В результате реконструкции предусматривается увеличение объёма активного газа в комплексе ПХГ с 3,4 млрд м³ до 5,5 млрд м³, то есть более чем в полтора раза. Кроме того, будет повышено качество газа, подаваемого из комплекса ПХГ в систему газоснабжения, увеличена надёжность газоснабжения и работы комплекса ПХГ за счёт более высокой автоматизации производственных процессов, а также улучшена экологическая обстановка в регионе. Южная часть Башкортостана снабжается газом в зимние месяцы практически только за счёт газа, отбираемого из Канчуринско-Мусинского комплекса ПХГ. Наиболее крупными потребителями являются Стерлитамак, Ишимбай, Салават, Мелеуз, Кумертау. Ведётся добыча нефти и попутного газа.