Общее руководство таможенным делом в Кыргызской Республике осуществляет Правительство Кыргызской Республики. Таможенное дело непосредственно осуществляют таможенные органы Кыргызской Республики, являющиеся правоохранительными органами. Непосредственное руководство таможенным делом в Кыргызской Республике осуществляет Государственный таможенный комитет.

Государственный таможенный комитет и подчиненные ему таможенные органы (таможни, таможенные посты, группы) образуют таможенную службу Кыргызской Республики. Положение о Государственном таможенном комитете утверждается правительством Кыргызской Республики. Создание, реорганизацию и ликвидацию подведомственных таможенных органов осуществляет Председатель Государственного таможенного комитета Кыргызской Республики.

Государственный таможенный комитет Кыргызской Республики осуществляет свои функции в следующем составе: Руководство Управление организации таможенного контроля Управление таможенных платежей и доходов Управление по борьбе с наркобизнесом, контрабандой и НТП Следственное управление Правовое управление Управление службой безопасности Управление кадров Управление внешних связей Финансовое управление Контрольно-ревизионное управление

Пресс-служба Управление таможенной охраны Хозяйственное управление Акцизный отдел Отдел технического развития таможенной инфраструктуры Отдел ввода и обработки информации Отдел связи и защиты информации Отдел таможенной статистики и анализа Учебно-методический центр Центральная таможенная лаборатория Национальный узел связи (УБКИ и НТП) Дирекция (управление таможенной инфраструктурой) по Северной зоне Представительство Таможенной службы Российской Федерации при Таможенной службе Кыргызской Республики.

Никакие государственные органы кроме высших органов законодательной власти Кыргызской Республики, не вправе принимать решения, затрагивающие компетенцию таможенных органов, выполнять без соответствующего допуска или изменять их функции, возлагать на них дополнительные задачи или иным образом вмешиваться в деятельность этих органов, которая соответствует законодательству Кыргызской Республики.

Таможенные органы Кыргызской Республики выполняют по проекту нового таможенного Кодекса следующие основные функции: участие в разработке таможенной политики Кыргызской Республики и реализации этой политики; обеспечение соблюдения законодательства, контроль за использованием которого возложен на таможенные органы Кыргызской Республики; обеспечение соблюдения законности, защиты прав и интересов граждан, предприятий, учреждений и организаций при осуществлении таможенного дела; защита экономических интересов Кыргызской Республики, обеспечение в пределах своей компетенции экономической безопасности Кыргызской Республики, являющейся экономической основой суверенитета Кыргызской Республики; применение средств таможенного регулирования торгово-экономических отношений; взимание таможенных пошлин, налогов и иных таможенных платежей;

обеспечение соблюдения предусмотренного Таможенным Кодексом и иными правовыми актами Кыргызской Республики разрешительного порядка при перемещении товаров и транспортных средств через таможенную границу Кыргызской Республики; ведение борьбы с контрабандой, нарушениями таможенных правил и налогового законодательства, относящегося к товарам, перемещаемым через границу Кыргызской Республики, пресечение незаконного оборота через таможенную границу Кыргызской Республики наркотических средств, оружия, предметов художественного, исторического и археологического достояния, объектов интеллектуальной собственности, видов животных и растений, находящихся под угрозой исчезновения, а так же оказание содействия в борьбе с международным терроризмом и пресечении незаконного вмешательства в аэропортах в деятельность международной гражданской авиации; осуществление и совершенствование таможенного контроля и таможенного оформления, создания условий, способствующих ускорению товарооборота через таможенную границу Кыргызской Республики;

введение таможенной статистики внешней торговли и специальной таможенной статистики Кыргызской Республики, а также ведение товарной номенклатуры внешнеэкономической деятельности; осуществление контроля за вывозом стратегических и других жизненно важных для интересов Кыргызской Республики материалов; содействие осуществлению мер по защите государственной безопасности, общественного порядка, нравственности населения, жизни и здоровья человека, защите животных и растений, охране окружающей природной среды, защите интересов отечественных потребителей ввозимых товаров; осуществление валютного контроля в пределах своей компетенции; обеспечение выполнения международных обязательств Кыргызской Республики в части, касающейся таможенного дела; участие в разработке международных договоров Кыргызской Республики, затрагивающих таможенное дело;

осуществление сотрудничества с таможенными и иными компетентными органами зарубежных государств, международными организациями, занимающимися вопросами таможенного дела; обеспечение в установленном порядке высших органов государственной власти, иных государственных органов, информацией по таможенным вопросам; осуществление подготовки, переподготовки и повышения квалификации специалистов в этой области; реализация единой финансово-хозяйственной политики, развитие материально-технической базы таможенных органов, создание необходимых условий труда для работников этих органов. Законодательством Кыргызской Республики на таможенные органы могут возлагаться и иные функции.

В целях повышения эффективности организации работы таможенных органов по осуществлению таможенного контроля, выполнению задач по защите экономических интересов Кыргызской Республики, проведения деятельности таможенных органов в соответствии с действующим законодательством и Положением о Гостаможинспекции (Гостаможком) был издан приказ 83 от года "О местных таможенных учреждениях, таможнях, таможенных постах и таможенных группах", где говорится, что:

Местные таможенные учреждения: таможни, таможенные посты и таможенные группы являются государственными учреждениями, деятельность которых оставлена на соблюдение совершения таможенных операций, ведения борьбы с нарушениями таможенных правил и контрабанды. Местные таможенные учреждения: таможни, таможенные посты и таможенные группы в своей деятельности руководствуются Таможенным Кодексом, Указами Президента Кыргызской Республики, приказами, инструкциями, правилами Государственного таможенного комитета Кыргызской Республики, а так же нормативными актами министерств, ведомств в вопросах таможенного дела.

Местные таможенные учреждения: таможни, таможенные посты и таможенные группы образуют единую систему государственной таможенной службы Кыргызской Республики и решают поставленные перед ними задачи в пределах территорий закрепленных за ним приказом Государственной таможенной инспекции при Правительстве Кыргызской Республики зон деятельности.

Таможня имеет право: давать согласие на осуществление перемещения товаров и иных предметов через таможенную границу Кыргызской Республики вне мест своего расположения; требовать от предприятий и организаций, а так же от граждан, перемещенных через таможенную границу товара и иные предметы, либо следующих через таможенную границу Кыргызской Республики представления документов, необходимых для таможенного контроля;

производить досмотр транспортных средств, товаров и иных предметов, в целях установления законности перемещения через таможенную границу Кыргызской Республики товаров и иных предметов, учета обложения их таможенной пошлиной, таможенными сборами, доступа на территорию или перемещения любого предприятия и организации, где находятся предметы, подлежащие таможенному контролю;

Местные таможенные учреждения выполняют свои задачи в тесном взаимодействии с контрольно- пропускными пунктами пограничных войск, МВД Кыргызской Республики, областными комитетами по внешнеэкономической деятельности, экспертами искусствоведами Министерства Культуры Кыргызской Республики, органами гражданской авиации, а также другими предприятиями и организациями. Таможни, таможенные посты и группы возглавляются начальниками.

Права и обязанности начальника таможни (поста, группы) определены должностной инструкцией. Начальник таможни (поста, группы) несет персональную ответственность за выполнение стоящих перед таможенным органом задач и осуществление им своих функций, распределяет обязанности между своими заместителями и сотрудниками таможни.

При осуществлении таможенного контроля таможенные посты (группы) обладают равными правами с таможнями, кроме внесения решений по вопросам, входящим в исключительную компетенцию таможен. Местные таможенные органы в пределах своей компетенции на основе и во исполнении законодательства Кыргызской Республики издают приказы и дают указания. Штатное расписание и сметы расходов местных таможенных учреждений утверждается Государственным таможенным комитетом.

В структуру местных таможенных учреждений могут входить следующие отделы: оперативный грузовой пассажирский экономический задачи и права отделов определяются положениями об отделах, утверждаемые начальниками таможен, распределение обязанностей производится начальником таможни в соответствии с должностными инструкциями.

Таможенные органы Кыргызской Республики несут ответственность за убытки или вред, причиненные лицам и их имуществу вследствие своих неправомерных решений, действий или бездействия, а равно неправомерных решений, действий или бездействия своих должностных лиц и иных работников при исполнении ими служебных или трудовых обязанностей. Убытки или вред возмещаются на общих основаниях в порядке, предусмотренном законодательством Кыргызской Республики. Вред, причиненный правомерными действиями, возмещению не подлежит.

На сегодняшний день на территории Кыргызской Республики функционирует 15 таможен при ГТК КР: Бишкекская таможня Таможня "Аэропорт-Манас" Нарынская таможня Таможня "Торугарт" Ошская таможня Таможня "Иркештам" Таможня "Северная" Таможня "Южная" Иссык-кульская таможня Таможня "СЭЗ-Бишкек" Таможня "СЭЗ-Каракол" Таласская таможня Токмакская таможня Кара-Балтинская таможня Джала-Абадская таможня.