В 1930 году Заболоцкий женился на Екатерине Васильевне Клыковой. Сын Никита Николаевич Заболоцкий ( ), кандидат биологических наук, автор биографических и мемуарных произведений об отце, составитель нескольких собраний его произведений. Дочь Наталья Николаевна Заболоцкая (род. 1937), с 1962 года жена вирусолога Николая Вениаминовича Каверина ( ), академика РАМН, сына писателя Вениамина Каверина В 1930 году Заболоцкий женился на Екатерине Васильевне Клыковой. Сын Никита Николаевич Заболоцкий ( ), кандидат биологических наук, автор биографических и мемуарных произведений об отце, составитель нескольких собраний его произведений. Дочь Наталья Николаевна Заболоцкая (род. 1937), с 1962 года жена вирусолога Николая Вениаминовича Каверина ( ), академика РАМН, сына писателя Вениамина Каверина