Секвенирование

Презентация:



Advertisements
Похожие презентации
«Метод Секвенирования» Подготовила: Усенбаева Диана Группа: 121 «Б»
Advertisements

СРС Тема: Молекулярно-биологические методы: гибридизация НК, ПЦР, секвенирование ДНК. Прикладная иммунология. Выполнила:Кыстаубаева Ж.А. 219 группа ОМФ.
Генная инженерия. Инженерия Форез Секвенирование, масс-спектрометрия ПЦР Клонирование и выделение: векторы (плазмиды, лентивирусы; транзиентные, шаттл,
Внутри каждой клетки, в ее ядре, находится некий «аппарат управления», который не только руководит текущими процессами в клетке, но и влияет на весь организм.
Репликация ДНК это процесс синтеза дочерней молекулы дезоксирибонуклеиновой кислоты, который происходит в процессе деления клетки на матрице родительской.
ПОЛИМЕРАЗНАЯ ЦЕПНАЯ РЕАКЦИЯ
Prezentacii.com. это эффективный способ получения in vitro большого числа копий специфических нуклеотидных последовательностей.
ЭЛЕКТРОФОРЕЗ ФРАГМЕНТОВ ДНК. Мост из фильтровальной бумаги Агарозный гель Лунки для образцов ДНК Электрод Буферный раствор Направление движения ДНК Источник.
Генетический алфавит Подготовил ученик 8 класса Арефьев Алексей.
Цитологические задачи.. Фрагмент цепи и-РНК имеет последовательность нуклеотидов : Ц-Ц-Ц-А- Ц-Ц-Г-Ц-А-Г-У-А. определите последовательность нуклеотидов.
Транскрипция. Генетический код. Зачем необходима и-РНК? И-РНК участвует в биосинтезе белка. Приносит информацию из ядра.
Нуклеиновые кислоты. Общие сведения В 1869 г. Иоганом Мишером было обнаружено новое вещество клетки. Позднее его назвали ядерными (НУКЛЕИНОВЫМИ, от «нуклеус»
Повторение темы Биополимеры. Нуклеиновые кислоты.
Репликация Синтез ДНК по матрице ДНК. Принципы репликации 1.Матричный 2. Комплементарный 3.Полуконсервативный 4.Униполярный и антипараллельный 5.Прерывистый.
Электронный учебник по биологии по теме: ДНК Подготовила Берзина Анастасия 8 «В» класс.
«Нуклеин» - от лат. Nucleos – ядро. Открыты во второй половине ХIХ века швейцарским биохимиком Ф.Мишером. - высокомолекулярные соединения, выполняющие.
Репликация Синтез ДНК по матрице ДНК. ДНК КомплементарностьАнтипараллельность Принципы строения ДНК.
Синтез белков в клетке Урок для 9 класса. Цель урока: формирование понимания процесса биосинтеза белка Содержание: Теоретическая часть: Теоретическая.
Синтез белков в клетке Урок для 9 класса. Цель урока: формирование понимания процесса биосинтеза белка Содержание: Теоретическая часть: Теоретическая.
Полимеразная цепная реакция Генерозова Анна, 9 класс «А»
Транксрипт:

Что такое секвенирование? Секвенирование (sequencing) – это общее название методов, которые позволяют установить последовательность нуклеотидов в молекуле ДНК. В настоящее время нет ни одного метода секвенирования, который бы работал для молекулы ДНК целиком; все они устроены так: сначала готовится большое число небольших участков ДНК (клонируется молекула ДНК многократно и «разрезается» её в случайных местах), а потом читается каждый участок по отдельности. Секвенирование (sequencing) – это общее название методов, которые позволяют установить последовательность нуклеотидов в молекуле ДНК. В настоящее время нет ни одного метода секвенирования, который бы работал для молекулы ДНК целиком; все они устроены так: сначала готовится большое число небольших участков ДНК (клонируется молекула ДНК многократно и «разрезается» её в случайных местах), а потом читается каждый участок по отдельности.

А это уже история… К концу 60-х годов Ф.Сэнгером были разработан метод секвенирования РНК, получаемой с ДНК- матрицы при помощи РНК-полимеразы. К концу 60-х годов Ф.Сэнгером были разработан метод секвенирования РНК, получаемой с ДНК- матрицы при помощи РНК-полимеразы. В 1976 г. А. Максамом и У. Гилбертом был разработан метод секвенирования, основанный на специфической химической деградации фрагмента ДНК, радиоактивно меченного с одного конца. В 1976 г. А. Максамом и У. Гилбертом был разработан метод секвенирования, основанный на специфической химической деградации фрагмента ДНК, радиоактивно меченного с одного конца.

Секвенирование ДНК по Максаму – Гилберту ( ) Пусть есть образец ДНК, надо узнать его последовательность. Пусть есть образец ДНК, надо узнать его последовательность. Возьмем раствор, содержащий наш образец (одноцепочечную ДНК в достаточном количестве), дезоксинуклеотиды dNTP (кирпичи, из которых строится ДНК), ДНК-полимеразу (белок-строитель), и праймер к образцу (праймер – это комплементарная «затравка» - кусочек ДНК, комплементарный началу нашего фрагмента, достаточной длины, чтобы с него начался синтез комплементарной цепи): Возьмем раствор, содержащий наш образец (одноцепочечную ДНК в достаточном количестве), дезоксинуклеотиды dNTP (кирпичи, из которых строится ДНК), ДНК-полимеразу (белок-строитель), и праймер к образцу (праймер – это комплементарная «затравка» - кусочек ДНК, комплементарный началу нашего фрагмента, достаточной длины, чтобы с него начался синтез комплементарной цепи): Если позволить полимеразе работать (то есть, держать температуру, в которой ей удобно вести синтез), то в результате мы получим полностью достроенные комплементарные цепи. Если позволить полимеразе работать (то есть, держать температуру, в которой ей удобно вести синтез), то в результате мы получим полностью достроенные комплементарные цепи. 53

Секвенирование ДНК по Максаму - Гилберту А теперь разобьем всю смесь на 4 пробирки, в которых содержатся в небольшом количестве радиоактивно меченные ddATP, ddGTP, ddCTP или ddTTP (в каждой пробирке – что-то одно). А теперь разобьем всю смесь на 4 пробирки, в которых содержатся в небольшом количестве радиоактивно меченные ddATP, ddGTP, ddCTP или ddTTP (в каждой пробирке – что-то одно). У ddNTP нет кислорода на 3-конце, поэтому, если его встроили в молекулу ДНК, такая молекула удлиняться не будет, поскольку к ddNTP ничего присоединиться уже не может – на 3 кислорода нет. У ddNTP нет кислорода на 3-конце, поэтому, если его встроили в молекулу ДНК, такая молекула удлиняться не будет, поскольку к ddNTP ничего присоединиться уже не может – на 3 кислорода нет. dATP ddATP

Секвенирование ДНК по Максаму - Гилберту Позволим полимеразе работать в каждой из смесей. Для каждой молекулы образца она будет достраивать комплементарную цепь, пока не встроит ddNTP. Притом в пробирке с ddATP это может случиться только в тех местах, где в образце содержался тимин (комплементарный аденину ddATP). Тогда, если в образце были тимины в положениях 5, 7, 14, 15, то в пробирке с ddATP мы получим фрагменты ДНК комплементарной цепи с такими длинами. Позволим полимеразе работать в каждой из смесей. Для каждой молекулы образца она будет достраивать комплементарную цепь, пока не встроит ddNTP. Притом в пробирке с ddATP это может случиться только в тех местах, где в образце содержался тимин (комплементарный аденину ddATP). Тогда, если в образце были тимины в положениях 5, 7, 14, 15, то в пробирке с ddATP мы получим фрагменты ДНК комплементарной цепи с такими длинами. Сделаем форез, чтобы различить фрагменты разной длины в каждой пробирке, каждая дорожка фореза – одна пробирка. Сделаем форез, чтобы различить фрагменты разной длины в каждой пробирке, каждая дорожка фореза – одна пробирка. Поскольку ddNTP был радиоактивно помечен, то, проявив гель на фотопленке, мы увидим только комплементарные цепи с ddNTP. Поскольку ddNTP был радиоактивно помечен, то, проявив гель на фотопленке, мы увидим только комплементарные цепи с ddNTP.

ATGCAGAACAGACGATCAGCGACACTTTA (образец) AT ATGCAGAACAGACGAT ATGCAGAACAGACGATCAGCGACACT ATGCAGAACAGACGATCAGCGACACTT ATGCAGAACAGACGATCAGCGACACTTT

Применение в медицине: Микробиология: Микробиология: 1) Выявление патогенов: холера – на Гавайях, токсичная E.coli в Германии. 2) Анализ симбиотических организмов: микробом. Болезнь профиль экспрессии: Болезнь профиль экспрессии: Классификация опухолей, тонкий и/или ранний диагноз. Классификация опухолей, тонкий и/или ранний диагноз. Спектр мутагенеза – причина опухоли образования. Спектр мутагенеза – причина опухоли образования.

Спасибо за внимание !!!