Парные выравнивания биологических последовательностей А.Б.Рахманинова, С.А.Спирин 2008 (продолжение)

Змей-Горыныч биоинформатики Биологическая задача поставить друг под другом гомологичные позиции Математическая задача формализация биологической, например, найти способ количественного сравнения качества выравниваний. Программирование создание эффективного алгоритма и его реализация

При заданных параметрах существует единственное оптимальное парное выравнивание ! Оптимальное выравнивание seq1: MA-RR seq2: CADRQ при условии,что вес совпадения: 2 вес замены: -1 штраф за делецию: -2 Построение парного выравнивания по алгоритму Нидельмана-Вунша (пример из упр. студента ФББ)

25 белков 9 белков 2 белка 12 белков 223 белка 243 белка 507 белков ЕС ЕС ЕС Перемешивание и дупликация «удачных» доменов

Домен – единица эволюции, структуры и функции белков. Домен – компактная, относительно независимо сворачивающаяся структура, относительно консервативная в процессе эволюции. Белок может состоять из одного или многих доменов.

Карта локального сходства FAS_PNECA (по горизонтали) Q83I90 _TROW8 (по вертикали)

Типы выравниваний Глобальные (полные) Локальные (частичные) Парныеneedle, ……..water, matcher… Множественные Выбор способа выравнивания зависит от биологической задачи!