Закхаймские ворота были возведены в Авторы постройки - военные инженеры, имена которых не известны. Однако первые ворота на этом месте были построены ещё в ходе сооружения первого вального укрепления Кёнигсберга в начале XVII века. До конца XIX века, пока существовали валовые укрепления, ворота выполняли функцию контрольно-пропускного пункта при въезде в город. После того, как валы были срыты, они утратили оборонную функцию и стали своего рода аналогом триумфальной арки. В начале XX века ворота были проданы военным ведомством городу. После этого часть казематов была снесена и к воротам были пристроены жилые дома.

После Второй мировой войны ворота стали использоваться под склад, каковую функцию они и выполняли до 2006 года. При этом ворота имеют статус памятника истории федерального значения.

Закхаймские ворота имеют один проезд в виде арки. В прошлом по бокам имелись также меньшие арки, которые, возможно, были пешеходными проходами, однако до наших дней они не сохранились. На углах ворот расположены четыре башни: две круглые со стороны города и восьмигранные с внешней стороны. Со стороны города ворота были украшены горельефами Иоганна Давида Людвига Йорка и Фридриха Вильгельма Бюлова, с внешней стороны изображением чёрного орла (Орден Чёрного орла был высшей наградой Пруссии).

Через Закхаймские ворота в Кенигсберг в 1697 году въезжало Великое Московское Посольство Петра I. В 2006 году началась реставрация ворот. После реставрации ворота будут переданы федеральному государственному учреждению «Центр стандартизации и метрологии». Здесь будут размещены лаборатории и небольшой музей, где можно будет увидеть весы и другие старинные измерительные приборы.